-與劇情無直接關係的部分-
魔獸手冊： 進入翡翠迴廊後立即從莉絲那裡得到。 已經記錄完第零話的敵人。 追加“取得物品一覽”，已經取得的物品會著色。 門內的戰鬥，打倒敵人後會完全記錄其情報。
料理手冊： 選擇料理的時候，可以看到當前擁有該料理的數量。 製作料理的時候會出現凱文廚師或莉絲廚師（？）的形象（隨機）。
裝備：
凱文可以裝備長桶系列。
鷹目系迴路用“▲”在小地圖上顯示敵人（可表明敵人朝向）
探知迴路，可以用不同顏色區別開過和未開過的寶箱。
身·靈·魂之理不和其他狀態異常的刃/理屬於同一類別，可以同時裝備。
其他：
部分敵人的狀態和耀晶片有一定調整。 稀有物品的取得率上升。
選擇成員時，會顯示角色的簡單介紹。 選擇角色時還會有語音（各2種）。
可以跳過S技的動畫。
在門內可以隨時跳出門，但是不算完成門。
CAMP菜單→ORBMENT頁裡面，快捷菜單增加“卸下所有迴路”和“替換為高級迴路”的選項。
遊戲中使用HOLD時（？），可切換語音的開/關，並有圖標顯示
莉絲受到攻擊時的聲音增加（？）
-與劇情有關的部分-
繼承SC的存檔：
A級時獲得獎勵為太陽刻印+月之刻印+各種耀晶片200；B+和B級時為月之刻印+各種耀晶片200；C+級及以下為各種耀晶片200。
若SC中提妲學會了S技“炮射衝擊F”，那麼繼承存檔後提妲加入時會擁有此S技。
繼承the3rd的存檔：
可選擇繼承米拉&耀晶片；各種物品；裝備與迴路（上限20）（如果繼承此項，將不能繼承塞姆里亞石）（劇情獲得的不能繼承，如利劍「迅羽」） ；手冊（料理、魔獸）；人物狀態（等級、結晶孔強化）（劇情學會的戰技不能繼承，以及天堂聖星（第零話的基爾巴特戰不能使用，以後才能使用））。 另外第一話開始不會出現結晶迴路破碎的情節。
戰技和魔法： （此部分根據L大提供的數據進行了完善）
尤莉亞的“號令”增加SPD+10%效果。
尤莉亞的“騎兵穿刺”和“騎兵穿刺Ⅱ”硬直ST30→28。
尤莉亞的“鏡花水月”CP50→30，硬直ST28→10。 “鏡花水月Ⅱ”CP50→40，硬直ST28→10。
穆拉的“雷索吸縛”變為攻擊戰技，並附帶50%氣絕，範圍也增大。
穆拉的“無相飛刀”CP40→35。
空屬性魔法“風暴降臨”威力提升（注：附加傷害650→1000），但驅動和硬直時間也提升了（注：驅動ST45→80，硬直ST20→40 ）。
理查德的“真·光連斬”硬直降低（ST12→7）。
莉絲的“千劍之雨”和“無盡劍制”範圍分別+1和+2。
門：
月之門4《啟程的清晨》增加了插圖。
太陽之門5《軌蹟之PONG》的答題方法為四個選項對應PSP的四個按鈕（○×△□）。 增加“Maniac”難度，獎勵為刻耀珠（驅動3，時8空3幻3，STR-20%、DEF-20%、ATS-15%）
星之門15《樂園的少女》場景大幅刪減，以至於理解不了劇情（笑）。
太陽之門3《裡·武術大會》噩夢模式，帶上亞妮拉絲完成的話，利劍「迅羽」會得到強化（STR+1600 ATS/ADF+50 DEX+25 AGL/SPD+5），變得比彗星還強。
星之門5《劍之道》，在HARD難度下，物品中將擁有終極冰淇淋（HP2200回复、CP20回复）和敏捷薄餅（HP1300回复、MOV+1、SPD+10%）。 NIGHTMARE難度未知。
星之門6《重劍流特訓法》，PC版中裝有“打火機”的寶箱將裝有“打火機+”。 在HARD難度下，一開始就會有1個“打火機”。 NIGHTMARE難度未知。
裝備：
最終話開始後，在庭院的泉水處可以得到迴路。 戰鬥次數300次以上、逃跑0次將獲得“神鏡”迴路（地6火8空4，50%機率性反射物理攻擊、最大HP-20%）；戰鬥次數300次以上、逃跑300次將獲得“魔鏡”迴路（水8風6幻4，50%機率反射魔法、最大EP-30%）。
部分稀有物品的性能強化。
命運卡片，增加AGL+50效果。
隼眼迴路，屬性值變為空5水2幻2（注：PC版為空3水1），功能變為鷹目+探知。
其他：
“火龍東央貢湯”“達人火鍋「極」”“七彩布丁”“甲殼豆醬煮爪”“棕櫚茶骨肉”料理的效果增強。
第六話開始後，在庭院的大樹可以購買魔獸食材，價格均為400米拉/個。
玲的支援能力強化，EXP+10%→EXP+15%。