-與劇情無直接關係的部分-
魔獸手冊： 自動記錄戰鬥過的敵人的屬性等資料。 對打倒過的敵人還會記錄“情報”迴路能看到的部分。
料理手冊： 選擇料理的時候，可以看到當前擁有該料理的數量。 製作料理的時候會出現艾絲蒂爾廚師的形象。
小地圖： 裝備鷹目迴路時可以在小地圖上顯示敵人位置。 敵人顯示為“▲”，可以表明其朝向。
地名收集： 通過對話或實際探索會自動記錄。 左下方會記錄完成的百分比。
戰鬥語音及頭像： 增加了PC版3rd的對應人物頭像及戰鬥語音。
隊伍編成： 選擇成員時，會顯示角色的簡單介紹。 選擇角色時還會有語音（各2種）。
繼承存檔：
繼承SC的通關存檔，可選擇繼承米拉、耀晶片、籌碼（遊戲幣）、各種物品、裝備及迴路（上限10）（若繼承此項，將不能繼承塞姆里亞石）、手冊（料理、垂釣、魔獸、地圖）、人物狀態（等級、結晶孔強化）。 二週目賭場有新增交換物品（第一章新增大吃一驚曲奇餅、危險肉丸、七色不可思議玉；第八章新增催眠曲奇、昏厥肉丸子、極光不可思議玉、月亮眼鏡、預警之鈴、龍卷扇、長桶Ⅲ、還魂粉、還魂膠囊）。
其他：
部分敵人的能力和抗性有一定變更。
出現更換UMD的提示時有提妲摩擦雙手的形象，確認插入的UMD時有提妲操作機器的形象，都出自S技“衛星激光”。
開始遊戲時的標題畫面背景，每張UMD各一種，但是會隨著時間經過出現晝夜變化。
-與劇情有關的部分-
存檔：
在第六章開始編隊時可以更換隊員裝備（注：PC版這時只能選擇成員而不能換裝備，所以一旦把某些裝備放在了其他隊員身上要拿回就只能去川蟬亭一趟）。 此次編隊之後，其他隊員會自動前往川蟬亭。
萊維戰後、懷斯曼戰後、天使懷斯曼第2戰後可以存檔。
通關存檔會保存在和普通存檔不同的位置。
隊伍角色：
第八章“王立學院受襲事件”完成後，帶提妲去盧安的武器店可學會S戰技“炮射衝擊F”（直線攻擊）。
終章，來到中樞塔前站後回埃爾賽尤號與科洛絲、尤莉亞、穆拉任一人對話，即可選擇尤莉亞（Lv85）和穆拉（Lv86）加入隊伍。 此時找奧利維爾選擇編隊或不編隊時，對話會發生變化。
帶上尤莉亞或穆拉進行劍帝戰，戰鬥後的對話有增加。 有僅帶尤莉亞、僅帶穆拉、奧利維爾+穆拉幾種情況。
裝備物品：
除武器外的四欄裝備貓咪系列物品時，SPD會大幅提升（笑）。
第八章可從游擊士斯丁克那裡獲得刻耀珠（驅動3）迴路。 參數：時屬性，屬性值時8空3幻3，STR·DEF·ATS各-14％。
在居住區域獲得數據水晶Z後，地下道入口處的房子可獲得第2塊塞姆里亞石（？），另外可製作的終極武器增加到9種：
艾絲蒂爾-麒麟具-STR+480、RNG+1
約修亞-鳳凰劍（鳳·凰）-STR+480
雪拉扎德-天狼鞭-STR+480、RNG+2
奧利維爾&喬絲特-靈槍「久遠」-STR+480、RNG+4
科洛絲&尤莉亞-月讀-STR+480
阿加特&穆拉-奇劍「鬼食」-STR+500
提妲-九龍炮-STR+500、RNG+3、中圓
金-千手觀音-STR+510
凱文-破弓「綺羅星」-STR+480、RNG+5
敵人： 劍帝萊維的分身最大數量為7，因此分身和本體最多將達到8個。