鏡界系統
鏡中世界：
鏡中世界中，存在有四幢建築，分別為鬼神之塔、煉妖爐、鍛冶坊、仙境小庵，玩家可分別點選其中建築，進入並行使其各自的功能系統。
鬼神之塔：
鬼神之塔的主要功用以檢視怪物資料和召喚怪物為主。分為「目前居民」、「可召喚怪物」、「菁英怪」。
煉妖爐：
「煉妖爐」主要的功能在煉化物品和妖魔，玩家可將欲煉化的物品或妖魔放入其中加以煉化，產生新的神魔妖怪或物品裝備。
鍛冶坊：
「鍛冶坊」主要的功能在鍛造武防裝備，玩家們可于此處利用神魔妖怪的鍛冶能力，來強化身上的武防裝備。
仙境小庵：
仙境小庵是調整欲上場戰鬥夥伴的地方，遊戲中不想讓其登場戰鬥的角色，便可置於此處休息。
戰鬥系統
行伍系統
《雲之遙》取消前作能於戰鬥中更換前後排的功能，而改為一場戰鬥中能直接調度的隊員僅為場上的四名。行伍系統在戰鬥之中的應用具有相當關鍵的重要性，若能針對夥伴在戰鬥上的優勢與缺點進行隊伍位置的安排，則能夠在戰鬥之中發揮出意想不到的效用！
屬性
屬性分為「太陰」、「玄陽」與「幽冥」三種，以及最基本的「無屬性」。
「太陰」、「玄陽」與「幽冥」三種屬性的生克影響為：太陰克玄陽、玄陽克幽冥、幽冥克太陰。
追加攻擊
若物理攻擊與敵方屬性相克，會在畫面中間出現一時間球；若能在限定時機內按下按扭，角色將會再追加一次高度攻擊，並高機率出現屬性異常狀態。如果過早、過晚、或是連續點擊將會造成失敗，而無法造成追擊效果。
法寶
延續了軒轅劍系列的法寶系統，《雲之遙》加入了更多系列作膾炙人口的法寶玩法於其中，透過在戰鬥中的法寶修練，不斷累積經驗值，可以讓法寶培養成長，成為戰鬥中另類的打怪利器。
戰鬥劇情
在《雲之遙》中導入了豐富的戰鬥劇情，透過詼諧有趣戰鬥對話選項，可以輕易的完成一場戰鬥，或者反客為主成為敵人的魔王。
BOSS戰法
在《雲之遙》魔王戰中，強化了魔王戰的玩法，結合行伍、屬性、戰鬥劇情系統後，讓每一場魔王戰，都有著意想不到的新奇玩法。
地城系統
地城系統為《雲之遙》中所推出的新系統。地城系統除了讓玩家可以挑戰不同於主線劇情的強力怪物之外，同時一些遊戲主線中「不可辨識」的強力怪物，也可以在地城中進行辨識，當在地城中面對怪物戰鬥而獲勝時，更可以獲得遊戲中的獎勵點數，以取得特殊的「菁英怪」當作玩家的護駕喔！同時玩家也可以體驗不同於主線戰鬥的神秘探險感覺！
隨機事件點
地城中充滿許多能隨機獲得物品或是進入戰鬥的隨機事件點。按下隨機事件點時，可能會取得寶物，也有可能踩中陷阱，或是被怪物偷襲進入戰鬥。
頭目戰
地城中也有著強大的頭目怪。頭目怪不會只是不動聲響的進入戰鬥，而是活生生的會追逐玩家。
頭目怪是特別強大的地城怪物，不但屬性與主線劇情中大不相同，同時體型也不一樣。打敗頭目可以獲得額外的獎勵點數與經驗值！
離開地城與戰利品
在離開地城的同時，便可獲得在地城中的所有戰利品，同時還可獲得額外的勝利點數！
精英怪
在地城中獲得的額外勝利點數，便可以在這次《雲之遙》精心製作的線上商城，購買遊戲中的怪物「辨識度」，或是購買特殊的「菁英怪」來成為強而有力護駕！
《軒轅劍外傳－雲之遙》WEB世界
本次地城功能除了會由《軒轅劍外傳－雲之遙》製作小組持續更新推出新的地城外，未來也將結合《軒轅劍外傳－雲之遙》WEB功能，透過線上更新地城機制，讓玩家在《軒轅劍外傳－雲之遙》中能獲得更多更好玩的地城世界！
辨識系統
辨識
遊戲中，玩家能以「辨識」之術增加怪物的「辨識度」，等到辨識度一滿，便能在遊戲中將之召喚出來。
不過在辨識的規則中，仍有「可辨識，不可召喚」以及「不可辨識」兩種例外狀況。
「可辨識，不可召喚」指的是在遊戲內能夠取得辨識度，但是卻無法在召喚出來的怪物。
「不可辨識」，即是指那些無法在戰鬥中取得辨識度的部份怪物；若要取得這些怪物的辨識度，則需要前往「地城」。
護駕：
在戰鬥中，玩家能將居住在鬼神之塔內的怪物召喚出來，作為我方的護駕；透過護駕的協助，戰鬥中如同多了一員夥伴援助。
此次雲之遙中，又將護駕分為「一般怪」與「菁英怪」，菁英怪的能力皆比遊戲內的怪物還高，若獲得菁英怪的協助，玩家闖蕩江湖將更加無往不利。