來源：篝火營地
結局分歧有兩處判定，除此之外的選項均不會影響結局。第一處在遊戲末期萬古神殿最後的選項：
三個分歧結局選項
1、應該保護神的秩序（秩序結局）
2、為了拯救東京而創世（混沌結局）
3、破壞王座（進入下一個分歧）
當選擇1或者2時就會分別進入對應的結局。完成特定的條件後選擇3則可以進入隱藏結局。
特定的條件包括如下
（1）出現上述選項前，先完成指定的4項支線任務
（2）擊敗濕婆（位於台東區地圖的淺草廣區域）
（3）讓孔斯生存的狀態下完成萬古神殿部分
指定的4項支線任務
「打探埃及分部的情況」
「有翼日輪爭奪戰」
「隼之首」
「拉的繼承」
其中在「打探埃及分部」的情況支線中，要通過選項讓孔斯生存才會出現拉的繼承任務。
達成以上條件並且選擇破壞王座後，就會出現「創造只有人類的世界」的第二次分歧選項，選擇後即可進入隱藏結局。
秩序與混沌
遊戲中玩家在各個劇情中的選項不會影響遊戲結局，但是會對遊戲最後可以獲得的隱藏內容帶來影響。遊戲中所有的選項都有秩序、混沌、自然三個不同的屬性，選項中，比較偏向理性的選擇（例如以天使系為優先的支線）均為秩序屬性，偏向惡魔的選項（偏向惡魔的支線、或者是對青神埋怨的選擇為主）為混沌屬性，而沒有主見性的選項（例如不知道、只是因為伯特利的命令所以做）為自然屬性。
保持全程一致的屬性即可從多緒那裡獲得獎勵
當遊戲中所有的選項全部只選擇秩序的情況下，最終選擇秩序結局，或者只選擇混沌的情況下，最終選擇混沌結局，就會在至高天的劇情中，多緒會賜予玩家對應的神意，其中秩序結局情況下會獲得解鎖惡魔合體等級限制廢除的神意，而混沌結局中則會獲得可以惡魔合體初始固定技能任意覆蓋的限制。