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序章：起始與結束的序章
開始遊戲，首先是一段主人公岡倫談論蝴蝶效應的旁白。
正式進入劇情，主角岡倫（中二病）帶真由理（岡倫的青梅竹馬妹子）來參加中缽博士的時間機器發表會。
兩人在發表會開始前，聽到了8樓樓頂傳來的巨響，岡倫跑上去偷看下樓頂的情況。
岡倫來到樓頂上看到了一台大型的機器放置在陽臺邊。此外發現有兩名穿著嚴實的人在樓頂，其中一名朝岡倫揮手。
岡倫沒有回應他們的招呼，回到了7樓，幫真由理買了個扭蛋，打開後是個合金烏帕，真由理拿到後很開心。
隨即兩人繼續回到教室聽博士的發表會，然而岡倫在聽發表會時指責博士的發表會有抄襲約翰堤托（網上的神秘人，自稱是來自未來的時間旅行者）的成分。
隨即岡倫被博士讓牧瀨紅莉棲（天才少女，頂級科學家）帶了出去。
帶出去後，兩人聊了一會，牧瀨說岡倫15分鐘前找他有什麼事，岡倫表示並不清楚牧瀨在說什麼。
隨即借著機會逃離了與牧瀨的尷尬聊天。
就在逃離牧瀨後，岡倫的手機收到了一封帶視頻的郵件，視頻全程都是雪花看不到。
隨後岡倫與真由理會合，當兩人在討論如何將合金烏帕賣錢時聽到樓上一聲慘叫。
岡倫上來到一個小房間，見到了倒在血泊中死去的牧瀨。
岡倫發現死去的牧瀨後，害怕的帶上真由理一起離開了這棟樓。
隨後岡倫在大街上過馬路時發短信給桶子說牧瀨死亡的消息，發送時出現了世界線變動。
岡倫世界線變動後感覺莫名其妙，發現街上剛才的人都消失了。
隨後岡倫回到剛才那棟建築，發現這棟樓上的機器是砸到建築頂上的。
第一章：時間跳躍的偏執狂
正在困惑的岡倫又在街上重新遇到了真由理，兩人一同來到桶子的開發室（橋田胖子，沉迷電腦的宅男）。
岡倫跟桶子描述了發生的事情，桶子給岡倫介紹了他開發出來的失敗品電話微波爐。
這個微波爐綁定了岡倫的手機，可以利用手機操作來達成定時的效果。
岡倫叫真由理拿些香蕉放進微波爐試下。
隨後岡倫與桶子先出門前往大阪大廈參加ATF研討會，岡倫和桶子在東京電機大學的ATF設有學分需要參加會議，因此暫不理會微波爐的事情。
路上收到真由理的資訊，這裡需要回復Upa烏帕。
兩人在乘坐電梯時還看到了關於屋頂上的人造衛星墜落的消息，隨後又在電梯上遇到了牧瀨。
岡倫被嚇到了，仔細檢查下是否是真的牧瀨，被牧瀨推開了。
這次的會議由牧瀨主講，主題是時間機器，牧瀨認為時間機器理論不存在，岡倫在與其辯論過程中被擊敗。
岡倫在從神社漆原琉華子處回來後遇到了打工戰士阿萬音鈴羽（來自未來的戰士），阿萬音在布朗修理店打工。
回到家後收到了來自真由理的消息，這裡選擇kakeru-kun回復。
到29號半夜，岡倫在網上查找關於約翰堤托的消息，發現竟然找不到當初造成一時轟動的約翰堤托的消息。
網上的約翰堤托也說沒有去過2000年。
接下來收到了硫華子的消息，這裡選擇不回復。
第二天，岡倫在街上見到桐生萌鬱，叫住她並讓她刪除自己的照片。
桐生萌鬱正在找一台古董電腦，兩人互留了聯繫方式。
隨後岡倫約桶子到女僕咖啡店與胖子談談關於古董電腦的事，在咖啡店遇到了打工的真由理和菲利斯。
隨後會收到菲利斯的郵件，這裡選擇赤色南十字星回復。
隨後兩人回到實驗室進行香蕉實驗，發現放進微波爐的香蕉不見了，同時桌上的其中一根香蕉膠化了。
隨後，牧瀨不知道怎麼回事就來到了實驗室，隨即三人一起參與了關於手機微波爐的實驗。
在實驗中，真由理由於不知情在微波爐實驗時打開了微波爐導致爆炸，所幸人沒受傷。同時微波爐將實驗室的桌面都摧毀了。
第二章：不切實際的交匯
來到7月30號正午，在電話微波爐爆炸後，牧瀨因為不相信時間機器的存在，因此離開了這個實驗室。
岡倫收到真由理的短信，這裡選擇不回復。
隨後岡倫受到桶子的SERN組織真實存在的情況，結合約翰堤托的言論，隨即要求桶子黑入SERN組織查看情況。
在散步時會遇到阿萬音，同時收到來自菲利斯的郵件，這裡選擇2000回復。
接著又會收到琉華子的短信，這裡選擇family進行回復。
回到實驗室，與真由理吃了餐飯，隨後桶子成功入侵了SERN，發現迷你黑洞的已經成功生成。
隨後在實驗結果中顯示錯誤，需要參照另一份啫喱人報告。
桶子因為無法讀取啫喱人報告抓狂，岡倫隨即向約翰堤托求助。
在岡倫拿衣服下去樓下洗衣店時噴到了阿萬音，阿萬音自稱自己是打工戰士。
隨後約翰發資訊回復岡倫說要解讀啫喱人報告需要IBN5100，也就是那台古董電腦。
在岡倫準備獨自一人想辦法找古董電腦時遇到了牧瀨，就將其拉到了洗衣店，兩人就時間機器的問題發生爭執。
牧瀨說不想重複自己父親的失敗，不想再參與關於時間機器的事情。
隨後會收到來自琉華子的資訊，這裡選擇My sister回復。
岡倫收到真由理的消息說菲利斯見過IBN 5100的消息。
岡倫約見菲利斯並聊了下，得知菲利斯見過的IBN5100最後出現在秋葉原神社。
隨後在去的路上再次遇見了牧瀨，牧瀨詢問過同事IBN5100確實能解析特殊程式，兩人就一起去找IBN5100。
兩人找到琉華子，得知電腦就在他父親那，是之前一位年輕人帶過來並要求保管的。
牧瀨和岡倫兩人將拿到的電腦搬回實驗室，樓下遇到了阿萬音，阿萬音第一次見牧瀨就仿佛遇見敵人般做好戰鬥姿勢。
隨後布朗叫走了阿萬音。
回到實驗室後，又會收到一條消息。是來自琉華子的關於姐姐的事，這裡選擇不回復。
三人重新投入到研究，桶子有了電腦後成功未加密了SERN的啫喱人報告。
發現SERN40年一直研究時間機器，企圖破壞歷史建造所謂的理想鄉，隨後三人發現失敗的人體實驗導致送往過去的人都變成了膠化人。
隨後岡倫意識到自己已經早就製造出了時間機器，改變世界命運的任務就由自己來做了。
第三章：蝴蝶翅膀的分歧
在實驗室時會收到菲利斯的資訊，這裡選擇PHANTASM回復。
隨後又會收到來自阿萬音的資訊，這裡選擇不回復。
四人（包括真由理）進行了會議，討論要超越SERN必須儘快完善電話微波爐的功能，隨即進行了探索實踐穿越的實驗。
岡倫等人獲得了關於時間點概念的實驗成果。
隨後岡倫出去買東西，碰見了阿萬音，同時收到了來自琉華子的消息。
這裡選擇Gero Froggies嘔吐蛙回復。
在去買東西路上見到了桐生萌鬱，隨後回到了實驗室，牧瀨已經取得了研究成果：微波爐計時器一秒相當於現實的一小時。
隨後桐生萌鬱前來實驗室拜訪，因為桶子不小心說漏嘴關於實驗的事情，岡倫只好將桐生萌郁也一同加入他們Labman實驗團隊中。
岡倫召開會議，談論了關於準備第一次穿越世界線的實驗。
實驗方式是讓自己將彩票中獎號碼發送給一周前的岡倫。
就在實驗開始時，岡倫如計畫收到了一封郵件，然而就在這時，岡倫回到了一行人準備討論實驗內容的那一刻。
隨後琉華子來到實驗室，說自己搞錯了一周前岡倫給自己的彩票號碼，大家都不知道是發生了什麼事情。
阿萬音建議岡倫去找下約翰堤托，隨後會收到一封郵件，是來自真由理的，這裡選擇不回復。
約翰堤托回復岡倫說改了過去世界線就會發生移動，而且他並不知道還能保留記憶。
約翰堤托希望岡倫能成為救世主。
第四章：美麗夢幻的永恆
岡倫為了驗證自己有穿越世界線且保留記憶的能力，決定再次實驗。
不過這次發送郵件卻沒有改變世界線。
期間會收到來自真由理的信件，選擇magazine雜誌回復。
隨後還會收到琉華子的關於雷NET的信件，這裡選擇RailNet回復。
出門後會收到三封助手（牧瀨）的資訊，這裡的資訊關係到後面的結局，記得存檔。
這裡以助手結局為基準回復，可在第九章重新讀檔快速達成真結局。
這裡依次回復scientist科學狂人→bad scientist→do better即可。
第二天，岡倫碰到了阿萬音，阿萬音詢問岡倫約翰堤托的回答，被岡倫質疑阿萬音就是堤托。
一行人接下來繼續下一個實驗，這次實驗的是桐生萌鬱，她想告訴四天前的自己不要換手機。
隨後她趁大家不注意修改了郵件內容，實驗後，桐生萌鬱消失，其他人也不知道有桐生萌鬱這個人。
在實驗期間會收到打工戰士的信，選擇peaceful和平回復。
到了第二天，琉華子來到實驗室要求發送郵件改變自己的性別。
一行人答應了，並進行了實驗，發現琉華子並沒有變成女孩子。
岡倫和桶子來到咖啡店討論實驗結果，被菲利斯聽到了時間機器的事情。
一行人討論得知這個世界線的IBN5100並沒有找到。
在上述事情期間會陸續收到打工戰士、菲利斯及真由理的郵件。
這裡分別選擇不回復→He回復→Crunchy-kun回復。
在岡倫真由理回去路上見到了桐生萌鬱，真由理不像其他人那樣，她認識桐生萌鬱。
隨後一行人去拜訪菲利斯家，菲利斯要求發送D-mail，所以又成為了新Labman的成員。
在菲利斯使用了D-mail後，菲利斯的父親復活了。
在這些事件發生期間，可以陸續收到助手牧瀨的郵件。
這裡的回復順序分別為outsider→disgrace→Why am i still here?。
岡倫與桶子討論了關於世界線人際關係的問題，發現世界線並沒有改變人際關係。
回到實驗室，岡倫發現琉華子竟然是個女孩子。
被眾人趕出去的岡倫見到了樓下的阿萬音，兩人一起騎車出去。
中間會遇到真由理髮過來的資訊，回復Kakeru-kun。
從阿萬音口中得知阿萬音想要找到她的父親，於是岡倫打算進行下個實驗幫助她。
同時阿萬音說明天去一個地方試試看能不能找到父親。
第五章：時空限界的教條
開始後會收到來自打工戰士的資訊，選擇不回復。
另外還會受到助手的資訊，選擇回復travelling expenses路費。
再次遇見阿萬音的岡倫被阿萬音告知牧瀨與SERN組織有關係。
岡倫在超市購買東西時，收到了警告資訊。
因為擔心真由理，趕回到實驗室，發現真由理和牧瀨正在洗澡。
在這期間會有郵件發來，菲利斯發的選擇collapsing,琉華子發來的summer plans選擇不回復。
再次遇見阿萬音的岡倫詢問了關於她父親自稱巴賴爾堤托的事。
岡倫讓阿萬音引開布朗的注意力方便實驗。
經過該事件岡倫偶然發現了店裡的電視機與時間機器有關係。
隨即岡倫打算進行進一步實驗，被助手否決。
牧瀨完成時空跳躍機器，只能發送到前48小時內，岡倫思考了後決定先不做人體實驗。
隨後阿萬音來到實驗室，阿萬音好像意識到悲劇上演，獨自先逃走。
隨後真由理髮現自己的懷錶已經停止，借著一群人持槍闖進實驗室，打頭的是桐生萌鬱。
桐生萌鬱一槍將真由理打死，阿萬音此時重新回來將匪徒打倒，並與桐生萌鬱對峙。
岡倫與牧瀨三人意識到可以利用時空跳躍機器回到過去改變結局，然而死亡迴圈才剛開始。
第六章：形而上的死亡
通過時間機器跳躍過來的岡倫馬上宣佈實驗團隊解散。
經過不斷尋找後，岡倫找到了真由理，在帶她逃亡的情況下被車撞死。
岡倫決定再次穿越，在偷偷帶走真由理等待列車到來時，真由理被布朗女兒不小心推下了月臺導致死亡。
隨後經過不斷的跳躍，岡倫發現無論如何都無法避免真由理的死亡。
於是岡倫想到了辦法，打算事先就告訴桐生萌鬱關於時間機器的事情，隨即被打暈，醒來後再次目睹真由理的死亡。
在不斷迴圈拯救真由理的一次次失望後，牧瀨主動找到了岡倫，隨即岡倫說出了情況。
牧瀨讓岡倫回到時間機器製造完成那一刻，告訴過去的牧瀨一同拯救真由理，為了讓過去的牧瀨相信，她告訴岡倫關於自己的小秘密。
穿越後，岡倫與牧瀨討論如何避悲劇的發生。
阿萬音此時到來給他們解釋了要避免結局必須要到達β世界。而β世界需要越過世界線變動率1%的壁障。
隨即她拿出一個變動率計量器，並告訴他們這是未來的岡倫製作的。
阿萬音帶他們來到之前樓頂的時間機器處，告訴他們自己就是來自2036年的約翰堤托。
一番討論後，阿萬音決定自己回到1975年去改變這一切。
隨後岡倫收到了布朗交來的信，得知阿萬音的父親是桶子，且穿越回過去的阿萬音失憶了20餘年，最後自殺了。
領羽結局：
接下來就是阿萬音鈴羽結局分支的時候了，因為岡倫不想失去與鈴羽的朋友關係，也不想失去真由理。
因此這裡堅持不發送“取消跟蹤鈴羽”資訊即可進入鈴羽結局，岡倫將在11-13號之間無限穿越，保持最後這兩天與大家的美好相處時光。
在這時間段岡倫想過做很多混亂事情，最後鈴羽找岡倫詢問，岡倫告訴了鈴羽一切，包括鈴羽回到過去會失憶的事情。
鈴羽決定和岡倫回到1975年，兩人互相有個照應，隨後達成鈴羽結局：不可逆轉的重啟。
第七章：虛幻失真的複合
如果在第六章末尾選擇了發送D-mail改變過去，岡倫從布朗處得知阿萬音因病去世。
同時交給了岡倫時間變動率計量器。
在這期間會收到助手發來的資訊，分別選擇I don’t have a key和Frog青蛙回復。
就在岡倫認為真由理死亡的世界線可能被改變後，他還是察覺到不對。
隨後武裝分子還是過來擊殺了真由理，岡倫再次穿越回兩小時前。
穿越回來後，牧瀨分析了造成世界線移動的D-mail有五條，取消一條就能延後事件發生一天。
岡倫抱著最後的希望去找菲利斯。
一番周折後，兩人因為惹了不該惹的人被抓，岡倫被打，還好菲利斯的父親救了他們一把。
最後得知阿萬音找到了IBN5100交給了菲利斯的父親，隨後發現菲利斯的父親將它換了贖金去救女兒。
菲利斯結局：
菲利斯結局只需要堅持不發D-mail即可觸發，因為岡倫考慮到不想失去菲利斯父親，所以決定放下D-mail。
隨後岡倫決定再次改變世界線。
再次穿越的岡倫發現來到了負數的世界線，這裡除了菲利斯是岡倫的女朋友外，其他桶子，真由理都不認識岡倫。
岡倫決定就在這個世界線存活下去，這樣避免了真由理的死亡，也算是一種不錯的結局了。
第八章：自我相似的兩性體
在第七章選擇發送D-mail，會繼續進入接下章節。
完成了取消菲利斯的D-mail後，下一步是找到IBN5100並取消琉華子的D-mail。
來到神社後，委託琉華子父親找下放在神社的電腦，後來沒找到，發現琉華子在說謊，但是不知道原因。
岡倫猜測真由理的死亡應該會往後延一天，等待下原計劃當天會死亡的真由理也沒死。
最後確定真由理還是不可避免的會死亡，於是岡倫繼續跳回到過去。
隨後牧瀨找到岡倫，兩人就如何緩解之前岡倫對琉華子做的事簡單聊了下。
再次做好準備的岡倫準備找琉華子說清楚。
一番折騰後，琉華子對岡倫說如果能在真由理死之前和她當幾天的戀人即可取消D-mail。
岡倫答應後便開始了兩天的約會。
琉華子結局：
到了約會最後的一晚，岡倫又再次面臨選擇，只需要堅持不發送D-mail即可達成。
達成後，岡倫告訴琉華子真相，無論如何真由理都會死，既然如此，不如兩人就這樣過下去吧。
放下了真由理的岡倫再次遇見真由理死時已經麻木了，他知道這是無法再挽回的事情了。
第九章：無限連鎖的逃亡
選擇發送D-mail後，世界線變動，琉華子還是男兒身。
詢問其父親得知IBN5100電腦好像被偷了。
下一步岡倫需要取消的是桐生萌鬱的D-mail，找到她家後，發現她已經自殺了。
一定要接觸到桐生萌鬱的岡倫再次使用了時間機器來到桐生萌鬱未死之前的世界線。
一番折騰後岡倫拿到桐生萌鬱的手機發送了D-mail，發現什麼事都沒變，這才意識到桐生萌鬱改了信件內容。
從對話得知一個名叫FB的幕後黑手操縱了桐生萌鬱做那些事，同時也得知了IBN5100的位置。
岡倫和桐生萌鬱兩人跟蹤FB手下，發現FB最後將IBN5100交給了布朗大叔。
最後得知FB可能是布朗家的人，隨即三人決定調查下關于女兒天王寺絢的事情。
隨即布朗掏出了槍支，在得知阿萬音是一直來到過去阻止SERN後自殺了。
之後天王寺絢直接將桐生萌鬱刺殺，同時說桐生萌鬱及岡倫看布朗大叔自殺都見死不救，也是她一生的敵人。
刺殺完桐生萌鬱後，絢就跑走了。這會有一個選擇，是否發送D-mail。
不發送的話在後面岡倫追上絢後被絢桶傷，同時得知絢在15年後加入SERN組織殺了岡倫。
且奪回時間機器用不斷的短時間迴圈跳躍回到了15年前才親手殺了萌鬱，因為世界線的原因要之後再等15年再親手殺死岡倫。
之後岡倫取得手機發送D-mail，IBN5100出現在實驗室。
隨後岡倫請求胖子入侵SERN資料庫，刪除掉第一條D-mail。
但是岡倫意識到這會回到牧瀨死的那條世界線，再次陷入了艱難抉擇。
第十章A：因果關係的溶解
進入第十章A的前提是完成前面二到四章的正確資訊回復。
如果按照前面回復的話會直接進入第十章A劇情，也就是助手牧瀨結局。
岡倫因發現要真由理不死的方式只能回到牧瀨死的那條世界線，趟在陽臺的岡倫面臨艱難抉擇。
此時牧瀨找到了岡倫，隨即岡倫向牧瀨解釋了當前的困境。
當岡倫想不到辦法的時候，牧瀨也跟岡倫說她要出發前往美國。
岡倫擁抱了牧瀨，抱歉自己救不了她。
之後再次見到牧瀨時，牧瀨告訴岡倫去救真由理，回到β線。
這裡會有段比較虐的感情戲，兩人親上了。
隨後牧瀨告別了岡倫前往車站出發去美國，兩人戀戀不捨。
告別後，岡倫回到實驗室，讓桶子取消掉第一條D-mail，回到β世界線。
就在按下啟動時間機器按鈕時，岡倫看見了匆匆趕回實驗室的牧瀨，不過岡倫已經啟動了機器，兩人不會再相見了。
回到β線的岡倫，知道牧瀨已經在前些天死去，其他人也失去了關於牧瀨的記憶。
到這裡為止，牧瀨助手結局就結束了，岡倫心中依舊念念不忘牧瀨，一切似乎都已經結束了。
第十章B：純潔透明的星辰
這章是真由理結局，要達成該結局玩家只需要不按照助手結局的資訊回復即可自動觸發。
如果前面已達成助手結局，可以讀檔回到第四章開頭。
只需要在助手發來的Did you write it?資訊時選擇不回復即可，後面的劇情一路跳過即可觸發真由理結局。
陷入選擇困難的岡倫在陽臺苦惱，牧瀨找到他後讓他去救真由理，犧牲自己。
真由理結局與助手結局有許多相似的地方，當真由理知道救自己牧瀨必須死時，去找了牧瀨，牧瀨安慰了真由理。
當岡倫準備跳躍世界線回到β線時牧瀨也沒有再出現。
回到β線後，真由理回憶起了一個幫助過自己的人，這個人就是助手。
兩人一同惦記著助手，繼續生活下去。
最終章：境界面上的命運石之門
要進入最終章需要達成條件有：
1.達成所有結局一次，重新開新檔。
2.如果是嚴格按照助手結局回復的話，可以在第九章回檔，選擇發送D-mail即可進入真結局。
岡倫到達β線，見到了鈴羽，同時鈴羽將未來的岡倫的作戰計畫告訴給了現在的岡倫。
這個作戰計畫是拯救牧瀨，防止第三次世界大戰的爆發。
岡倫選擇與鈴羽一同乘坐時間機器回去到牧瀨死的那天。
回來到那天後，成功接上序章的劇情，此時同時存在兩個岡倫。
岡倫與鈴羽降落到樓頂，打開了陽臺的門，岡倫下來後碰見了牧瀨，這也就是為什麼序章牧瀨會問岡倫15分鐘前見過。
隨後岡倫準備蹲點看下是誰殺死了牧瀨，最後發現是牧瀨的父親中缽博士。
中缽博士因為論文的事情與牧瀨發生了肢體衝突，急忙救牧瀨的岡倫不小心刺傷了牧瀨，導致牧瀨死亡。
絕望的岡倫發現是自己殺了牧瀨後非常難受，被鈴羽用時光機器帶回世界線。
最後被真由理和未來的岡倫發的資訊重新拾回希望，未來的岡倫告訴現在的岡倫如果要牧瀨不死，可以利用欺騙世界線的方式
恍然大悟的岡倫知道怎麼處理後，拿到了制作假血的道具，想用欺騙發現牧瀨倒地的岡倫的方式欺騙世界線。
岡倫繼續乘坐時間機器到達牧瀨死之前的世界線，因為假血無法使用，這次他主動挑釁博士，讓博士持刀捅他。
受重傷的岡倫嚇走了博士，再將牧瀨擊暈，偽造成為事故現場，成功欺騙了世界線。
受重傷的岡倫被阿萬音帶回時間機器，回到世界線。
回去後，一切恢復正常，阿萬音因為當時未出生所以不在。
經過一系列事件後，牧瀨和真由理都存活了下來，一切都重新開始。
