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在冒險的過程中，有時會有寶可夢訓練家向你發起挑戰。
為了成為一名出色的寶可夢訓練家，你必須在對方發起的對戰中取得勝利。堂堂正正地面對挑戰吧！
如果和路上的寶可夢訓練家互相對視了，對戰就會開始！
在寶可夢對戰中，每個訓練家最多可以使用6只寶可夢。通過互相使出招式，率先將對方同行寶可夢全部打倒的一方即為勝利。
寶可夢可以使出的招式多種多樣。有能向對方造成傷害的招式，也有能使對方的攻擊下降的招式。
不僅如此，寶可夢和招式中還存在許多“屬性”，招式的威力會根據屬性相克的規則而變化（屬性相克的組合多種多樣。例如，火屬性招式對草屬性寶可夢效果絕佳，對水屬性寶可夢則效果不好）。
要派怎樣的寶可夢上場，要選擇怎樣的招式……考慮屬性相克正是決定輸贏的關鍵。
除了選擇招式，你還需要通過在危急時刻替換其它的同行寶可夢上場，以及使用道具説明寶可夢等方式構思出最合適的戰略，來幫助自己贏得勝利。
戰勝寶可夢訓練家後，在寶可夢得到經驗值的同時，你也將獲得獎金和精靈球。
而在戰勝道館館主後，你將會獲得能證明你勝利的“道館徽章”和能讓寶可夢學會新招式的道具“招式學習器”。
在雙人模式下對戰對我方更有利！
在雙人模式下挑戰寶可夢對戰時，我方將獲得更大的優勢。
即使在對戰開始之後，只要揮動另一邊的手柄，就可以邀請幫手訓練家一起參加對戰。2人分別對各自的寶可夢發號施令，對戰就能在我方獲得優勢的狀態下繼續。
連接對戰與交換
除了可以與遊戲中的寶可夢訓練家對戰之外，玩家還可以通過連接功能來與其他的玩家對戰。
玩家可以通過以下兩種方法進行連接對戰：與附近的Nintendo Switch玩家互相連接的“本地連線”；通過互聯網和遠方玩家互相連接的“互聯網連接”。
當然，玩家同樣可以通過連接功能來交換寶可夢。
通過和朋友互相交換寶可夢，收集更多未知的寶可夢來集齊寶可夢圖鑒吧。