作者:frdm
來源:A9VG
寄生蟲與FoxDie：聲帶寄生蟲能攻擊說特定語言的人群。Skull Face和Zero的對話裡提到，Zero已經掌握了能通過基因攻擊特定人的技術，就是FoxDie。寄生蟲作為落後技術已經被拋棄。同樣被Zero拋棄的Skull Face拿起了寄生蟲技術，進行他的復仇計畫。
眼鏡蛇小隊：Code Talker很早就在研究寄生蟲，MGS3裡作為Boss的幾名眼鏡蛇隊員的超能力都來自寄生蟲(The Boss和The Sorrow不知有沒有)。The End的人體光合作用能力被同樣是狙擊手的Quiet所繼承。
Otacon：Otacon是Huey和Strangelove的孩子。Strangelove希望Otacon能繼承她的基因和The Boss的Meme，父親是誰無關緊要。到頭來Strangelove愛的只有The Boss。
Zero：Zero並不想置Big Boss於死地。原爆點襲擊是手下Skull Face的獨斷。襲擊後，他一直在保護Big Boss，召集了Ocelot、EVA、Miller，制定了保護和真假Big Boss計畫。Big Boss昏迷兩年後，Zero親自去看望了Big Boss。
愛國者AI：愛國者AI建立的契機是Zero遭到了Skull Face的寄生蟲攻擊，身體迅速惡化。為了保存自己的意志，他使用Strangelove的AI技術建立AI代替他實現The Boss的遺志。在他身體惡化後，Cipher的指揮權部分移交給了Anderson，MGS3裡的Sigint，MGS1時代的DARPA局長。
戰爭經濟：作為MGS4主題的戰爭經濟在1984年已經產生了雛形。Peace Walker裡的MSF是世界上首支無國界傭兵部隊。原爆點襲擊之後，MSF崩潰，但是世界依然需要雇傭軍。其他的雇傭軍隊發展壯大，代理戰爭繼續擴大，最終發展成為了MGS4裡的PMC包辦戰爭的世界格局。
Miller：Miller從頭到尾最看重的是他和Big Boss一起建立的無國界軍隊。原爆點計畫後，Zero要求他輔佐假Big Boss，以掩護真Big Boss的計畫。這對於他來說就是一種背叛。他被從Big Boss的事業中排除出去了。整個幻痛裡Miller氣急敗壞的態度就來自於這種無處表達的怨恨。他和Ocelot分道揚鑣，一個繼續幫助Big Boss，一個訓練Solid Snake打敗Big Boss，也是由此而來。
Metal Gear：1984年的Sahelanthropus已經是直立行走型的Metal Gear。但是由於技術不成熟，它其實無法自行進行直立行走，只能依靠The Third Boy的超能力來運行。Sahelanthropus的普通狀態造型和REX非常像。Otacon畢竟是Huey的兒子。Huey在一系列傷害Big Boss和部隊的行為後被放逐。Big Boss失去Huey的技術支援，Metal Gear的技術水準也下降了。直到Huey的兒子Otacon長大，才找回了技術水準。
克隆：Liquid、Solid、Solidus是Big Boss基因上的克隆。Venom則是Big Boss在Meme上的克隆。Liquid、Solidus輸給了命運，Solid超越了命運，Venom則接受並貫徹了命運。
Sins of the Father：父親的罪。個人認為，Zero，Big Boss，Huey都算是有罪的父親。Zero培養了Skull Face和XOF，導致了Big Boss遭到襲擊。自身受到攻擊不得不用AI代理職責，最終導致世界陷入AI的統治。
Big Boss，他的基因讓Liquid、Solid和Solidus誕生，讓這三人套上了命運的枷鎖。為了守護他的事業，Venom Snake被迫接過Big Boss的旗幟，導致他最終墮入魔道。
Huey的軟弱、偽善和自私害死了太多的戰友，包括他的妻子Strangelove。4歲的Otacon被他放進Sahelanthropus的駕駛艙進行測試。Otacon和Emma也因為他的影響各自走上了Metal Gear相關的研發。Strangelove和Huey一個研究AI一個研究機體。巧合的是，他的兩個孩子，Emma和Otacon也是這樣。雖然Emma和Huey、Strangelove都沒有血緣關係，但是他們的Meme都傳遞給了Emma。
這裡的“罪”用的是Sin。小島想表達的意思可能是：他們的罪不都是主動故意犯下的，但是毫無疑問都是應當由他們來承擔的。Zero成為植物人，生不如死。Big Boss承受了Venom Snake的惡名，被打成恐怖分子，戰爭狂人，最終被自己的兒子打敗。Huey家庭崩潰，自己溺水自殺。
整個Metal Gear的故事，是傳承的故事。一切從The Boss的願望開始。傳承了願望的人有各自的理解，以各自的方式實現這個願望。他們的人生又隨著基因，Meme傳遞給下一代，繼續影響他們的人生，以至整個世界。這些父輩的人們，都想傳承The Boss的意志，並且用各種手段擴大傳承的範圍，寄生蟲、基因技術、資訊技術、納米機器人。“傳承”本身成為了父輩人共同的罪。“傳承”的無限擴張，會擠壓後代人自主發展的空間，讓世界趨於停滯，人性消亡。在MGS4的裡，這些父輩的人都迎來了死亡，不死的AI也被摧毀。人類擺脫了控制，重新得以自由發展。擺脫傳承的，正是Solid Snake、Otacon、Emma這些得到了傳承的人。接受傳承，然後超越傳承，這大概是小島最核心的思想。