第一章
開始先是看到原始蜘蛛人正在被巨大的怪物虐待，先活動一下筋骨按照下方的提示進行攻擊，因為是訓練序章所以不會死亡。危機時刻2099蜘蛛人穿越時空救下了原始蜘蛛人，看似比較亂的感情糾結其中是有起源的。遊戲採用倒敘的方式，故事回到時間發生之前的2099。
第二章
控制角色：2099蜘蛛人
在通風管道中爬行一直到工廠的上方，看到下面正在大規模批量生產機器人。非常漫長的爬行主要是讓玩家能看到四周的製作團隊人員名單，不得不說是種折磨。透過上方的玻璃看到下面的Walker後開始跟踪，仍然是無限的爬行。
第二道門需要做些操作了，當黃色的掃描上來後要躲避，不能站在黃色區域否則安全門無法打開。終於站起身後有基本的跳躍和悠蕩提示，看到紫色的光球都是可以收集的。在風扇口通過轉移來到另一邊後進入門內發現沒有可以落腳的地方，需要持續悠蕩到對面平台上。
爬牆到達頂部後是一個大的出風口，跳入中央的洞穴內看到Walker通過時空機器逃走到原始蜘蛛人的時代，世界的一切也都隨之改變。
思維回歸後敵人出現並且使用跟踪導彈，看到身上紅色的倒計時快到時L2迅速減緩時間然後撤離，利用這種方式誘導導彈把紅色的電子門炸開。裡面開始真正的搏鬥，按照提示熟悉一下基本的戰鬥操作。
登上中央的升降台後開始劇情，通過思維聯絡原始蜘蛛人，但是貌似原始蜘蛛人並沒有相信這件事情。
第三章
控制角色：原始蜘蛛人
出門就被炸得昏天暗地，來到門前用方向下鍵開啟蜘蛛視野可以看到門口的守衛身上有鑰匙一把，得到鑰匙後可以繼續進門。
商場中上下左右使用槍械的敵人不少，目標正對面的大門上去猛拽後鐵門打開，紅色的激光必須要躲避這裡多利用爬牆進入通風口。看到被藍色保護罩包圍的安全門無法通過，從它右側的小口繼續前進。
進入被紅色激光保護的場地後L2迅速通過激光牆，把身上有紅光的守衛消滅後獲得鑰匙，控制室內中央的藍色儀器就是目標，摧毀後發現世界確實又有變化了。
按提示購買新能力後L3+R3使用將四個敵人幹掉，遠路返回之前有藍色保護罩的安全門已經被打開。接下來的場景需要用蜘蛛視野找到三把鑰匙的守衛，全部獲得後才能開啟紅色的安全門。
發生大爆炸後要在牆壁攀爬進入廢墟，不要觸碰到凌亂的紅色激光。進入工廠內部看到巨大的機器人被鎖定在中央，而另一端2099蜘蛛人正在和這個機器人拼命，所以找到所有的藍色光環位置摧毀機器人，一共有腳，胸，頭三個位置。
第四章
控制角色：2099蜘蛛人
上來就是混戰，幹掉周圍敵人的同時還要躲避導彈的攻擊，並且引導導彈炸開鐵門。接下來看到那個攻擊老鼠的炸彈一樣用L2躲避，使用方向下鍵看到鑰匙目標後爬牆通過左側的傳輸帶底部進入。
拿鑰匙的場景敵人非常多，多利用分身技巧，幹掉一批後裡面持鑰匙的機器人會出來並且帶著一票小弟。
得到鑰匙後返回紅色電子門，進入後直接沖向對面的安全門進入。裡面再次需要鑰匙，世界再次改變後出現不少敵人，目標是鑰匙所以途中的敵人可以放棄，進入大廳後出現空中敵人小心他們的下衝。
拿到鑰匙後先把旁邊控制室內的裝置摧毀，然後返回紅色安全門。跳入通道後開始飛行，飛行需要技巧特別是鑽空隙的時候要看前方的瞄準位置。
飛行完又開始爬牆，這裡需要配合L2 前進因為有不少防禦裝置，很容易空血。恢復正常行走後又是混戰，敵人種類沒有變化。快速前進再次爬牆，這次除了防禦裝置射擊之外還有紅外線激光，難度有所提升。
第五章
控制角色：原始蜘蛛人
敵人物種開始出現變化，先把屋子裡面的敵人都乾掉獲得鑰匙。在房間盡頭看到Eddie已經被完全控制並且放出炸彈。跟上去進入控制室打開機關後電子門會有時間限制，在時間消耗之前進入門內。
滿屋子的紅色激光爬牆通過再次遭遇變异怪Eddie，看來勸說已經不管用了，繼續追擊時發生爆炸導致2099發生改變。
快速逃離爆炸區域，看到巨型氣罐後按動開關，但是2099那邊仍然還有兩個氣罐在洩漏，需要找到另外兩個氣罐並且實施保護。最後需要關閉鐵門才能保護最後一個氣罐。
攻擊鐵門打開缺口進入通風管道，來到控制台拉動開關後跟隨紫色球體的線路爬牆，這個門同樣有時間限制的。從怪物守衛身上獲得鑰匙後打開鐵門進入研究室內，看到Eddie和博士在一起，一切都有了合理的解釋，而且Eddie變身後能力更加強大。
Boss戰開始，雖然看起來有些凶悍但是並沒有那麼可怕，近/遠距離連擊配合L2完全沒有威脅，被打到空中的話跳躍攻擊正好可以施展。第一階段把Boss扔進倉庫後走進去象徵性的戰鬥後會進入劇情。
第六章
控制角色：2099蜘蛛人
上來直接就有戰鬥，把空中守衛機器人消滅得到鑰匙。進入後本來的廊道突然消失，整個世界再次發生變化。把屋子裡面的守衛消滅後在二層平台先拉動機關，然後迅速進入打開鐵門，不要等到原子牆出現。
接下來的屋子裡面用蜘蛛視野看到三把鑰匙的守衛後殺死獲得鑰匙開門進入，下面都是原子網所以要在空中作業，進入控制室內打開開關後從通風口爬出快速進入門內。
爬行悠蕩後來到門前，這裡可以選擇去關掉下方原子網或者直接跳下開門，進入後再進行一段距離的爬行跟著紫色球體走就沒有錯了，場景切換再次回到原始蜘蛛人這裡，已經被虐的不成樣子了。
切換回來後把屋子清理乾淨得到鑰匙，三把鑰匙獲得後打開鐵門同時原始蜘蛛人那邊身處險境，但是被2099成功救了下來。2099進入時空門內和Eddie開始戰鬥，還是老一套方法一直到怪物衝進室內的時候原始蜘蛛人甦醒並且發現世界有所改變。
1分30秒倒計時開始這裡不要攻擊Boss，要引誘Boss把旁邊三個裝置破壞才可以救原始蜘蛛人。然後可以放開手腳殺Boss了，仍然配合L2補血。
第七章
控制角色：原始蜘蛛人
兩個蜘蛛人更換了時空，但是由於時空門出現故障，需要修理後才可以使用。途中會出現很多觸手，用B鍵射擊可以擊退，而防守裝置也可以用蛛網粘住後摧毀。
三把鑰匙的門前先走左側可以得到兩把，右側一把，全部獲得開門進入。這裡場景比較大而且分層，找到三個可以進入的門，將裡面的裝置開啟後獲得電池。三塊電池拿到後進入最後的門內，由於觸手的出現把橋徹底搞垮，所以需要在2分鐘內逃離。
最後一個房間內要快速擊退兩個觸手然後來到傳送門前將電池扔入門中。
第八章
控制角色：2099蜘蛛人
比較漫長而且鬱悶的戰鬥，一共四批敵人每當按下一個電池就會出現一批敵人。全部搞定後發現傳送門仍然不能正常運作，跳入中央的洞穴內有一個不長時間的飛行。
幹掉所有的守衛後打開鐵門鑽入通風管道，躲避紅外線激光爬到主控室打開儀器開關。接下來的一段飛行比較難，主要找准方向靈活調整，不然只能一直重新來了。
三把鑰匙在三個房間內，每間屋子裡面一個盾牌守衛身上，全部獲得打開鐵門。再次飛行仍然比較難需要注意。衝入大廈內部找到牆壁上的控制器但是卻被保護無法打開，幹掉守衛後引導炸彈炸開紅色的鐵門，進入摧毀裡面的裝置。
來到博物館大廳中要進入對面的紅色鐵門中必須要打開三台電腦，用蜘蛛視野可以看到三台電腦的位置。進入鐵門後有半分鐘的時間跑到對面綠色控制台前，打開機關後原始蜘蛛人暫時安全。
第九章
控制角色：原始蜘蛛人
打開下方三台電腦機關，每打開一個就會多一層激光牆，要使用L2來躲避。空中的吊台和紅色安全門都無法進入，進入下方有守衛的門前可以獲得鑰匙。用鑰匙開啟上層平台的門，在深處打開機關後有時間限制，迅速跑到之前無法進入的鐵門。
這裡面要躲避好機槍裝置打開盡頭的鐵門後摧毀中央的裝置，迅速回到之前有藍色保護罩的門內，開始鬱悶雜兵戰，敵人數量根本數不清楚，因為重點是沒有辦法全部消滅，需要把四個柱子摧毀後等待2099的救援。
牆壁上出現門後砸碎進入，爬行來到2099相同的位置後進入門內又一個需要三把鑰匙的安全門，這次的三把鑰匙在三個機器人手中，非常兇猛而且需要一層一層的解決。最後打開安全門內的控制台，中央出現一個大型的虛擬控制台。
第十章
控制角色：2099蜘蛛人
遍地都是觸手需要擊退，看到女記者逃跑的方向後跟上去。實在搞不懂女記者為什麼一直跑，明明我們是來救援的，她跑我們就跟途中有需要鑰匙開門的就用蜘蛛視野尋找。
四處的觸手非常難纏，看到女記者蹲在角落後需要把屋內的觸手清理一下。就在可以接觸到女記者的一霎那，電梯來了個自由落體，2099也跟著跳下去開始飛行。這段飛行是目前最難的了，因為需要加速追電梯。三次觸碰電梯QTE後終於救出了女記者。
第十一章
控制角色：原始蜘蛛人
上來就是對決黑貓的Boss戰。Boss的動作非常迅速，所以要掌握好攻擊時機，看到Boss身上發光後馬上跳躍躲避，對付這個Boss最好全程空中攻擊。戰勝一次後會出現類似黑貓女的敵人，獲得鑰匙後開門離開。
原始蜘蛛人竟然見到了未來的自己，沒想到這個害人的CEO竟然就是自己。來到展覽廳中央抬起玻璃窗後可以進入後方鐵門。打開上層的控制台機關後快速進入有時間限制的門內，這裡爬牆只有一條路，注意途中的探照燈就可以了。
門前幾個機器人非常兇猛，盡量先把遠程射擊的敵人消滅最後解決大的。進入後才次見到貓女，跟隨她的踪跡這裡非常噁心的設計，需要打敗Boss好幾次，而且每一次都有很多像貓女的雜兵，不要攻擊雜兵專心對付貓女，因為雜兵是沒有盡頭的。
用鑰匙打開門後跳入地下通道，裡面躲避觸手前進來到傳送門前和2099同時進入傳送門返回到自己的世界。
第十二章
控制角色：2099蜘蛛人
跳入地上出現的光洞內直接進入一個控制室，把裝置毀掉。世界還在不斷變化，爬行通過通風口後跳入中央的洞穴，跳上二層紅色儀器前打開機關，下面出現一輛DNA小車，再把小車推向中央的核心柱。
鐵門打開後直接上二層控制室啟動後會出現DNA小車，保護小車不被雜兵傷害，最後將小車推入核心住。接下來仍然有兩扇鐵門會陸續打開，重複這個步驟將四輛小車都推入。接下來需要一段時間完成數據儲存，保命就可以了，當數據100%後清空場地進入數據間。
第十三章
控制角色：原始蜘蛛人
中央大廳幹掉斧頭男獲得鑰匙，建議先把那些討厭的槍械兵幹掉。下一個屋子仍然有斧頭男，先消滅敵人後打開盡頭的房間門，不要被上面的掃描器掃到了。
窗戶外面出現大型怪物想要破窗而入，地上有三個控制窗戶的開關，要在Boss破窗之前關閉窗戶，但是需要先把雜兵消滅。怪物仍然不放棄，在屋頂窺視，躲避觸手攻擊來到對面的通風管道。
被觸手抓下通風管道後拿到針管，怪物再次出現，把它引入中央的玻璃房內會有毒氣讓他暈厥，過去提取DNA樣本後返回儀器。需要將三個針管都取滿才可以，從第二次開始怪物的能力上升，速度加快，而且玻璃房有觸角障礙。
第十四章
控制角色：2099蜘蛛人
直接開始飛行，這次的障礙物是移動的了，不要被迷惑。打開房間內的開關後會有12秒的逃離時間，上牆壁進入通風口把裡面的通電裝置摧毀後清理戰場。新開啟的房間內巨大的能量柱恢復運作。
再次返回第一個房間打開機關，這次可以直接上到第二個平台，先去另一邊拿鑰匙後進入上鎖的房間讓這一層的能量柱恢復運作。返回第一層再次打開機關跳到更高的一層平台，把這層的能量柱恢復後再次回到第一層，打開開關後會自動進入飛行狀態。
第十五章
控制角色：原始蜘蛛人
幫助2099破壞一路上的屍體容器，一共四個容器而且這裡的敵人非常多。幫助2099脫險後進入鐵門觸手也一直在阻礙前進。來到大廳中央攜帶鑰匙的隊長會躲避在防護罩內，需要把三台電腦全部切斷電源，敵人仍然非常多。
進入中央的傳送門後在這個場景需要把三台電腦關閉並且獲得鑰匙，返回後進入紅色鐵門。穿過爬滿觸手的走廊後看到被我們吸血的怪物又跟了上來。
第十六章
控制角色：2099蜘蛛人
第一個場景誘導導彈炸開鐵門是關鍵，因為發射器的距離很遠，要先把路上的障礙清除才可以。第二個房間的導彈更加困難，需要空中游盪才能足夠時間引導，多練習幾次吧。
進入房間後殺死守衛獲得鑰匙後打開紅色的鐵門，再次引導一次導彈炸開鐵門後可以進入CEO的辦公室了，並且看到他的幻像。
另一側原始蜘蛛人開始對付窮追不捨的巨大怪物Boss，首先要用遠程射擊它的觸手，並且躲過攻擊。看到地面出現光柱後跳上去充電，怪物會原地被束縛，這個時候上去攻擊才有效果。重複兩次後把怪物的兩個觸手折斷，切換到另一邊。
2099開始和CEO戰鬥，這場戰鬥要用技巧，不能直接攻擊，躲避攻擊才是關鍵。等待地上出現觸手後在觸手的光影上做分身，引誘Boss飛過去就會被觸手纏住，這時候再攻擊就可以了。
回到原始蜘蛛人的戰鬥，這次要小心身邊的黃色原子能，感覺濃重後要跳起稀釋。仍然用遠程射擊兩個觸角，一直到柱子出現，這次要兩個柱子全部充電才可以上去攻擊，大概三次後Boss的最後兩個觸角也被折斷。
回到2099的Boss戰，這次要引誘Boss到觸手的邊上，然後射擊觸手依靠觸手的幫助擊翻Boss後上去攻擊，仍然三次攻擊後跳回原始蜘蛛人。
全力攻擊怪物一直把它推回傳送門後轉移到2099，可以直接攻擊Boss了，當Boss爬上門瞄準發射光束的時候要分身躲避。當Boss最後一次爬上門後需要在它發射光束的同時用遠程射擊把它擊落才可以最後致命一擊，幹掉最後的CEO後遊戲結束。
