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本作有四個結局，分別是八百萬神路線（Chaos）、維護秩序路線（Law）、破壞王座路線（Neutral）和創造沒有神魔的世界（True），除了真結局路線以外流程中的任務對話基本不影響劇情分歧，在打敗梅塔特隆、進入至高天之後通過路西法的天之聲可以選擇分歧，建議打完梅塔特隆之後存個檔。
遊戲過程中的行為雖然不影響最終的路線分歧，但會對一些限定要素產生影響，具體影響在下面介紹。
各路線限定要素
必須守護神的秩序（Law） 亞必迭 & 太宰一郎
限定任務【天使長歸還】&【大*發慈悲的天之女王】
限定神意【破除繼承常規】
限定仲魔：大天使 90 米迦勒、女神 83 馬利亞
必須拯救東京而創世（Chaos） 月讀 & 敦田結線
限定任務【紅龍的誘惑】&【勇猛的天之女王】
限定神意【破除等級常規】
限定仲魔：魔王 92 貝利亞、地母神 87 伊南娜、聖獸 40 早太郎
破壞王座（Neutral） 女媧 & 八雲翔平
限定任務【崇高的天之女王】
限定仲魔：地母神 93 達娜
真結局的進入方式
進入真結局主要有兩個條件，一是在進入至高天、選擇路線之前完成三個任務；二是在進入至高天選擇路線的時候，選擇破壞王座的路線。任務的完成狀態通過轉生之後在二周目會保留下來，我個人完全沒做過支線也可以觸發真結局。
也有一些說法是要贊同八雲&女媧留人不留神的說法才能觸發真結局，但這個我沒有測試過，姑且作為參考在這裡提一句。
三個任務及這三個任務的前置任務如下：
・芬恩 麥克庫爾的決心
1、送給心儀的她
2、收集曼陀羅的根
3、被擄走的伊登
4、如雨露般
・拉的繼承
1、隼鷹頭
2、打探埃及分佈的情況（不能殺死孔斯）
3、有翼太陽爭奪戰
需要注意的是在進行第二個任務的時候一定不能殺死孔斯，否則第三個任務中孔斯不會出現，最後的任務也不會出現。
・阻止宇宙被破壞吧
打敗婆蘇吉之後，從邊上的傳送門進去就可以看到濕婆。濕婆等級有96級，進去打不過的話也不要先去至高天練級，否則可能會無法完成真結局。
馬利亞任務分歧
【大*發慈悲的天之女王】【勇猛的天之女王】【崇高的天之女王】這三個任務在至高天觸發，但要求玩家的惡魔全書完成度達到75%以上。滿足條件的時候能夠從索菲亞那裡獲得一顆生命的種子，在持有生命的種子的情況下與至高天的馬利亞對話後可以觸發任務。根據路線的選擇，將分別與馬利亞（Law）、伊南娜（Chaos）和達娜（Neutral）戰鬥，勝利之後解鎖對應仲魔的合成。
貝利亞 & 米迦勒任務
這兩個任務和一直以來的Law & Chaos二者擇一任務一樣，做了一個就不能做另一個。只不過米迦勒任務和貝利亞任務在結局分歧之前就已經確定下來了。
首先要在台東區前往萬古神殿的路上完成默瑟吉德給的任務【將戒指放進禦樋代】，之後根據玩家進入至高天時的選擇而發生變化。
選擇Law路線的話，在進入至高天之後可以和地圖右下角的默基瑟德對話，它會告訴你米迦勒在萬古神殿和梅塔特隆戰鬥的那個地方等你。
但如果你的傾向是Chaos的話，那麼需要捐贈660000魔貨才能和米迦勒見面；反之如果傾向是Law但選擇了Chaos路線的話，在同樣的地方可以找到奈比洛斯，但需要支付660000魔貨才能和貝利亞在魔王城打敗亞略的地方見面。
完成任務之後，任務委託者會成為仲魔並解鎖合體。
限定神意
在Law傾向的時候選擇Law路線，在進入至高天之後多緒就會贈送限定神意【破除等級常規】；在Chaos傾向的時候選擇Chaos路線則獲得【破除繼承常規】；破壞王座路線則不能獲得限定神意。
如何判斷 & 改變自己目前的傾向？
通過龍脈傳送到東京之後，來到大地圖，觀察自己的游標。如果是順時針旋轉的話，那麼就是Law路線、逆時針旋轉則是Chaos路線、不旋轉則是Neutral路線。
根據測試改變傾向應該只和4組支線任務有關，每個支線任務都是二擇一的選項，大部分人應該都有印象。
港區：【打倒誘惑的水妖精（Chaos 菈南茜）】&【打倒誘惑的戀愛妖精（Law 飛天）】
品川區：【剷除前往東京路上的阻礙（Chaos 莉莉姆）】&【阻止東京遭到入侵吧（Law 權天使）】
千代田區：【邪惡霜精再次現身（Chaos 邪惡霜精）】&【懲罰邪惡霜精（Law 狄俄倪索斯）】
台東區：【奇襲東京（Chaos 亞得米勒）】&【守衛東京（Law 經津主）】
傾向能夠通過二周目轉生繼承