作者：皮皮蝦奈文斯
來源：生化危機吧
遊戲的最開始，需要追溯到很久以前的時候，在西班牙爆發了一場流感，一個名為米蘭達的女人在那場災變中失去了自己的女兒伊娃，傷心欲絕的她在女兒的埋骨處發現了一處洞窟，裡面有一種從未見過的真菌能夠吸收死者的意識，被她恭敬地稱為“菌主”，真菌的能力這給了她啟發，給了她能夠復活女兒的希望。
往後的日子，她在生活的村子裡不斷尋找村民做黴菌實驗，企圖找到能和黴菌完美契合的“容器”為自己的女兒“降生”。為了提高尋找容器的效率，米蘭達創造了一種名為“恩賜”的寄生體，用於感染。
被感染的村民大部分都不會與之契合，從而變成狼人一類的怪物，而這些怪物是可以被米蘭達所操控的。而能夠契合的有四個人，他們都獲得了不俗的力量，被米蘭達稱為自己的“孩子”，也被村裡的村民們供奉為貴族。
往後多年，米蘭達和貴族們一直作為村莊的信仰一般存在，他們暗地裡抓捕各種外界人進行實驗，而表面上則作為庇佑村莊的神，給村民們營造村莊和平寧靜的假像。除此之外，米蘭達禁止村內的人離開，不允許外界的消息滲入村莊，這使得村莊的異常多年來完全不被察覺。
當年，保護傘公司的三大創始人之一，年輕的斯賓塞還只是個學生，米蘭達作為他的恩師，曾經給他啟迪——利用生物感染來迅速引發生物變異。然而由於米蘭達一心只想復活自己的女兒伊娃，跟想改變全世界（有點中二）的斯賓塞在觀念上起了衝突，這讓斯賓塞把目光從真菌投向了病毒，他離開了米蘭達所在的村莊，並在非洲的地下發現了始祖病毒，便同自己的兩位好夥伴馬庫斯和愛德華建立了保護傘公司來研究病毒。這個時候，斯賓塞曾經的左膀右臂布蘭登·培裡，由於跟斯賓塞在理念上有所相悖而漸漸疏遠，他利用了當年在非洲研究所的人脈，建立起了另一個生化的犯罪網路，目前得知他所建立的這個組織名為“聯盟”，並活躍於世界各地。
不久，1998年，浣熊市事件的爆發，馬庫斯被謀殺，阿士福德家族的衰落，斯賓塞的逃竄，各種事情接踵而至，保護傘公司也逐漸隕落，直至消亡……布蘭登·培裡，作為一個極為精明的人物，就在保護傘公司在反生化戰鬥的風口浪尖之際，培裡暗中聯繫了米蘭達，想向她提供幫助，從而從她手中拿到了一些黴菌和伊娃的DNA。
“聯盟”利用這些黴菌，和另一個生化組織H.C.F聯合。設計之初，他們希望能製造出“期望能以最小的直接接觸來消滅大量的戰鬥人員”這樣的生化兵器。研究出A到E的五個系列之後，最後只有E系列完美適配，且外觀設計為10歲左右的小女孩，以便於混入人群之中。
最終，這個小女孩被稱為“伊芙琳”。
2014年，國際反生化組織bsaa的重要人物克裡斯逐漸查明，並逼近“聯盟”的歐洲分佈研究所。收到消息的聯盟成員緊急命令伊芙琳的監管員——米婭和艾倫運送伊芙琳，乘坐天然氣運輸船“安娜貝爾號”，前往美國分公司。
然而途中由於伊芙琳暴走，整個船上包括艾倫在內的船員基本被消滅，船隻沉毀。
而米婭認為自己命不久已，在船沉前給自己的丈夫伊森發送了一段影像，表明自己欺騙了他並讓他不要尋找她並開始新的人生。
當天，由於颶風氣候，沉船殘骸被沖到路易桑納州的一處港口，奄奄一息的米婭和伊芙琳被居住在附近農場的傑克貝克救起並帶回家中，善良的貝克一家四口人原本想好好款待這兩位受難者，結果當天晚上伊芙琳就感染了傑克貝克一家人。
當聯盟的人趕到貝克農場時，驚奇的發現伊芙琳對這裡環境適應性較好，沒有發生突然的暴走，如果插手轉移可能會有不堪的後果，於是決定初期治癒了貝克家的二兒子，把他當作監視伊芙琳試驗體情況變化的棋子，並在農場附近的礦洞開設了臨時的研究機構，派遣組織內部成員來實地研究真菌。
由於伊芙琳對“家庭”的概念極深，她試圖控制米婭卻常常以米婭暴走，多次嘗試未果後就讓被控制的傑克和妻子瑪格麗特綁架周圍的居民，路人等，並對他們實施感染，使之變異為菌獸，強行組建自己的家庭。
這樣的生活持續三年後，2017年，仍希望米婭成為自己母親的伊芙琳發現米婭對自己的丈夫伊森仍有念想，便操控米婭給自己的丈夫發送了一封來路易桑納州找自己的郵件。
收到信件後的伊森獨自前往路易桑納州後，才發現自己的妻子變成了怪物，自己也被貝克一家綁架。正當自己逃離無計時，貝克家受感染比較輕的佐伊貝克仍保持著理智，她選擇幫助伊森和米婭殺死了自己早已失控的父母，並逃離了伊芙琳的魔爪。
最後，克裡斯等一眾藍色保護傘公司成員及時趕到了貝克農場，救下了三名倖存者。
在伊芙琳被消滅後，克裡斯緊接著也消滅了躲在幕後的盧卡斯並開始對這次事件的源頭進行追查。
與此同時，bsaa對三名倖存者進行了監禁，並且為了掩蓋他們在這次恐怖襲擊中產生的失誤，他們抹除了對於伊芙琳事件的真相，發佈官方消息為“毒氣洩露事件”引發的貝克一家人的死亡。
對於伊森和米婭，兩位作為事件重要的見證人，則被一直安排在嚴格的監視之中，他們被強制安排了新的身份，並被送去歐洲某國開始新的生活，聲稱這是為了躲避聯盟的追查。
相比起米婭希望能夠忘了發生過的一切，伊森表現出強烈的不滿與憤怒，但最終也只能妥協。兩人開始了新的生活，並在三年後，生下了一個女兒，取名為蘿絲。
聯盟對伊芙琳事件的大失敗傳入米蘭達耳中，她也得知了蘿絲的存在，經過測試也發現了蘿絲對於真菌的適配性極高，於是她決定綁架蘿絲做復活女兒的“容器”。
在知道伊森和米婭的生活地點後，她偷偷綁架了米婭，並利用自己的能力變成了米婭的模樣，尋找機會擄走蘿絲。
2021年，三年來一直在追查事情真相的克裡斯得知了自己曾經深信不疑的bsaa為了抹除自己的錯誤所做的一切，他表示自己不可能坐視不管，他開始獲取bsaa高層的機密檔，並私自調用了組織中的精銳部隊，獵狼小隊。這一舉動無疑驚動了bsaa高層，他們開始向克裡斯提出警告。
這時，克裡斯得知米蘭達在伊森的住處這一消息後，立即前往伊森的住處，當著伊森的面，射殺了偽裝成米婭的米蘭達。由於不清楚伊森是否被感染，便讓人擊暈了伊森，帶走了蘿絲。
在運送兩人一“屍”的途中，米蘭達突然活過來，製造了車禍，並帶走了蘿絲。醒來後的伊森一路尾隨，到達了米蘭達掌控多年的村莊。
在車禍結束後，載著另一輛車的克裡斯找到了運輸車的殘骸，但是沒看到運送的那三個人，感到事情開始變糟的克裡斯帶領自己的獵狼小隊進入村莊，開始尋找失蹤的三人。
這個時候，為了通過“儀式”讓自己的女兒伊娃重新降生，米蘭達將蘿絲用真菌感染成結晶石，並分成了四個部分放入四個盒子裡，交給了四大貴族。同時，讓那些被關押在村莊外據點的狼人佔領整個村莊，阻止外界人介入自己的儀式。
在村莊一路調查的伊森不久就被米蘭達發現，並被擒獲，見到了米蘭達手下的四大貴族——城堡主人蒂米特雷斯庫夫人，木偶師唐納·貝內文托，水庫怪物莫羅，工廠廠主海森伯格。
此時，本想玩弄伊森致死的海森伯格將伊森推入滿是陷阱的坑洞中，卻不料被伊森逃脫。
隨後，伊森誤入蒂米特雷斯庫城堡，再次被蒂米特雷斯庫和她的女兒抓住。在逃亡過程中他得知這座城堡曾經以獨特的葡萄酒釀“處女的鮮血”聞名，而它的主人蒂米特雷斯庫夫人本身也是一個擁有遺傳血液病，在被米蘭達控制以後不得不吸食他人血液的怪物，而她的女兒則是由於“恩賜”所托，由許多害怕寒冷的食肉昆蟲幻化而成的，這才導致了這四個人如此暴虐嗜血，經常將女僕關入地牢，並榨幹鮮血，屍體在之後被真菌感染，同樣變成了可怖的吸血鬼。最後，伊森利用冷風殺死了三個女兒，用淬毒的“死花短刀”配合槍械，殺死了蒂米特雷斯庫夫人，並逃離了城堡。
逃離城堡後的伊森，為了收集自己女兒的四個部分，來到了遠在高山上的貝內文托家，貝內文托家主是一個罹患嚴重精神病的少婦，從小喪失雙親的她，由於臉上的疤痕而特別的自閉，只喜歡同自己父親留下來的娃娃——安吉小姐講話，受到米蘭達感染後，唐納給自己的娃娃都放進了“恩賜”，讓他們擁有了“扭曲的生命”，並發現自己能夠通過分泌一些特殊物質，來讓被真菌感染的花卉產生花粉，吸入的人會因此產生幻象。因此，伊森在進入貝內文托家後，不斷看到自己的妻子和各種各樣的怪物的幻象。在一場戰鬥後，伊森用鋒利的剪刀插死了木偶師唐納，最終破除了幻象，離開了貝內文托家
接著，為了拿到女兒剩餘部分的伊森找到了盤踞在水庫的水怪莫羅。由於長年累月的感染，以及對真菌極差的適應性，莫羅產生了類似於魚鰓早已在外觀上就是一個噁心的怪物，他對米蘭達作為母親的依賴程度極高，常常在自己水庫旁的山上抓來許多人做“恩賜”實驗，來幫母親篩選容器，造出了大量的狼人和怪物。為了阻止伊森逃離，他變成了巨大的水怪截路，經過一系列挫折後，伊森最終還是將其擊敗離開了水庫。
相比於另外三人對米蘭達的衷心不同，海森伯格由於跟“恩賜”的適配性極佳，身體內的臟器被放入發電機，產生了類似電鰩的放電能力和產生磁場的能力，但對於自己身體的被改造，海森伯格對米蘭達對自己的所作所為恨之入骨，他對米蘭達稱自己為兒子的行為作嘔，所以他在自己的工廠裡拿各種各樣的感染者做實驗，讓他們與機械部件，發動機結合，變成自己反抗米蘭達的機器人大軍。在蘿絲來到村莊後，海森伯格發現了米蘭達對於這個外來的嬰兒的態度，以為這個嬰兒擁有米蘭達都無法戰勝的能力，他覺得自己的機會來了。在得知伊森解決了除了自己以外的三大貴族的海森伯格十分驚訝伊森的力量。他指引集齊了女兒四個部分的伊森來到自己的工廠見面，並提出想和伊森聯手，利用他的女兒來戰勝米蘭達，但是作為父親，伊森並不想將自己的孩子當成武器，也不想聽取海森伯格這樣一個危險人物的意見。在交涉無果之後，氣急敗壞的海森伯格將伊森推入自己的工廠，並讓自己的機器人大軍來追殺伊森。最後，伊森在工廠底部遇見了一直在追查米蘭達的克裡斯，並在他的幫助下，炸毀了工廠並擊敗海森伯格。
此時，克裡斯來電話讓伊森不要輕舉妄動，然而米蘭達忽然出現，掏出了伊森的心臟殺死了他。
克裡斯得知伊森死掉的消息後帶領全隊成員回到村莊，見到了地下控制著全村的“菌主”，並安裝好了炸彈。離開之際，他還在村莊的地牢裡發現了米蘭達和斯賓塞的關聯，也找到了被關押在這裡的，真正的米婭。此時，米婭透露出了伊森異于常人的體質，表示伊森還沒有死。克裡斯這才安頓好米婭，來到村莊的祭祀地尋找伊森。
此前，復活的伊森身體被村外的商人伯爵所救，從工廠帶回了村莊，他也得知了自己早在三年前就被傑克貝克殺死了，他的身體全都是真菌構成，所以才沒有被米蘭達殺死。
臨終之際，伊森拖著已經瀕臨崩潰的身體，帶著要救下自己女兒的信念來到村外的祭祀地，打斷了正在儀式的米蘭達，並殺死了她。
最後，在晨曦中，行將就木的伊森決定留在村莊裡，臨終前把自己的女兒交給了克裡斯，並讓他好好照顧她，在炸彈聲中，和菌主同歸於盡了。
十五年後，長大的女兒蘿絲在父親的生日那天，來到了父親的墳墓前，匆匆放下看望父親帶來的花，還沒說上幾句話，她又趕往下一個任務了。
父親的故事，最終還是結束了。
