作者：徹骨之寒
來源：nga
結局A
flowers for m[A]chines
副標題flowers for m[A]chines疑似自我致敬龍背上的騎兵結局B的副標題flowers for the Broken spirit，然而這兩個結局情節差別太大，很難說有情節上的關聯；因此可能僅僅是標題上的模仿或是單純的巧合。
感謝33樓提醒：副標題致敬經典科幻小說《獻給阿爾傑農的花》(Flowers for Algernon)的可能性很高。被改造而進化獲得高智商的老鼠Algernon最後因為改造本身而死去，對應進化後產生人類意識的Adam和Eve的結局。
此外，若不考慮neta而專注於故事本身，那麼在結局A的故事線中有兩個比較關鍵的地方涉及到花的概念，一是2B送給6O的沙漠玫瑰照片，二是Emil支線相關的月之淚，故事情節都很積極。結合淺顯易讀的劇情和表面上的HE，使用這樣一個明快向上的標題可以說是切題的。
結局B
or not to [B]e
副標題顯然是對莎士比亞《哈姆雷特》中著名獨白的引用。哈姆雷特在得知父親之死的真相以及母親和叔父的計畫之後，在震驚絕望和自我毀滅中思考自身生存的意義；而在結局B的9S視角，9S從對機械生命體以及Bunker資料庫的駭客行為中接觸到部分幕後的資訊，包括人類已經滅絕的事實。作為保衛人類的YoRHa部隊一員，9S自身又該何去何從？在遊戲早期宣傳和結局A的遊戲過程中，玩家一直受到2B是主角的暗示，而隨著劇情發展才漸漸發現9S才是真男主，監督親兒子。。
一說or not to Be 的副標題是or not 2B的諧音。結局C中A2向9S說明2B真實身份的時候說過“你可能也已經有所察覺”這樣的臺詞，事實上9S確實可能已經在A2坦白之前得知真相。9S的推理基於以下事實：
1. 9S通過結局B支線劇情中的失憶症任務得知YoRHa部隊E型的存在，並得知E型部隊可以對友方特定Android發動攻擊。
2. 結局A/B中2B扼死9S(紅眼)後，9S通過雲備份的方式保留了2B扼死自己(紅眼)這一情節的記憶，得知2B可以對自己(即使是紅眼)發動攻擊
3. 結局C主線中，9S得知2B由於YoRHa部隊的識別信號，2B無法對被感染的YoRHa部隊(即使是紅眼)發動攻擊
4. 通常的B型機體具有強勢好戰的人格，而2B則是冷靜沉著型。(印象中出處大概是某支線任務中9S和2B的對話)
因此9S作出類似“2B是針對自己的E型機體”的推理是可能且合理的。然而在結局B的時間點上，由於缺少條件3，9S能夠作出完整推理的可能性較小。故在結局B的時間點上以or not 2B的諧音來暗示2B的真實身份2E的可能性較小，個人更傾向於認為諧音是美妙的巧合。
結局C
meaningless [C]ode
目前還沒有注意到這個副標題的neta。若有，望各位指正。在C和D兩個平行結局中，我認為C結局是真實發生的事件，即故事線為A/B-C-E。在Emil的武器故事中有提到：
[12422 09 02] 異星人の繰り出した機械生命體がネットワーク機能を再構築している事を確認。また、重力系の操作を可能にしている個體も再発している。
可以說明12422年(本作約500年後)機械生命體網路正在重新構建。即結局C中A2摧毀機械生命體網路一事屬實。另外，結局E中POD 042和POD 153回收的9S機體左臂被斬斷，而9S與A2腹部並無傷口或血跡，說明結局C中A2斬斷9S左臂確有其事，而同歸於盡的D結局並未發生。至於結局C的副標題“無意義的代碼”，一可能是對機械生命體網路的嘲諷，二可能代表A2希望9S和2B放下身為YoRHa士兵的責任而獲得自由，YoRHa代碼無論是2B還是2E已無意義。結局動畫中有森林山谷中白之契約和背包被放置的特寫，考慮到其象徵意義，個人傾向於第二個解釋。
結局D
chil[D]hood’s end
致敬英國科幻小說作家Arthur Charles Clark的同名小說作品《童年的終結》。小說講述在不遠的未來，具有壓倒性科技實力的外星種族降臨地球。然而外星種族的目的並非毀滅人類，而是幫助人類的進化。外星種族自稱自己的進化進入了歧途，在個體意識和肉體強度上走到了有機生命的物理極限(類似沒有卡拉的星靈)，然而真正的進化“昇華”則需要一個文明放棄個體意識和肉體，以智慧共同體的形式走向宇宙。外星種族由於走入歧途無法昇華，於是盡己所能幫助盡可能多的文明走上正確的進化道路，脫離文明的童年時期。
本作結局D中，人類文明的輝煌反而被敵對一方的機械生命體學習模仿而得到保存，機械生命體智慧型網路實現了意識的進化，最終將載有Android和機械生命體意識的方舟發射進入宇宙，這與小說的結局不謀而合。
結局D中9S若選擇不接受Adam的邀請，則在方舟發射後會有“ああ……そこにいたんだ……2B”的發言。常見的解釋是2B的personal data搭載在方舟上離開了地球，但是這句發言中使用的過去式感覺很微妙。或許是9S臨死前看到了2B的幻覺？不過，若以結局C是事實、結局D是虛構為前提，那麼關於這句發言的討論沒有太大意義。
結局E
the [E]nd of YoRHa
本作的True End。副標題疑似致敬龍背上的騎兵1結局E the End of the dragon sphere。儘管劇情上兩個結局並無相似，但由於龍背1的結局E正是尼爾系列世界觀的開始。因此這一自我致敬的可能性相當之高。考慮到結局動畫中五台Pod鏡頭一切變成了五隻白鴿，那麼Pod運載的記憶和維修部件具有橄欖枝的隱喻是比較合理的，因此基本上可以認定結局E是HE(監督太摳門，我存檔都刪了居然不發糖)。
折疊一點關於副標題致敬新世紀福音戰士舊劇場版副標題The End of Evangelion的可能性討論，以及個人觀點
副標題同時疑似致敬新世紀福音戰士舊劇場版副標題The End of Evangelion，而兩部作品中人物和組織的命運確有諸多相似之處。名義上為對抗使徒而設立的NERV機關實為SEELE實現人類補完的棋子，而高呼榮光屬於人類的YoRHa部隊從誕生起就註定了被其創造者背叛；隨著劇情的發展，兩人(Shinji&Asuka/9S&2B)在逐漸接近幕後真相的過程中漸漸開始理解自己心中的情感和願望；而在故事的最後，兩部作品留下的都只有愛恨交織的少年少女和末日後一片空白的世界。鑒於兩部作品氣質非常接近，這裡並不排除這一致敬的可能性。
關於E結局的後續，考慮到Emil的武器故事：
[12423 01 19] 複製された僕達の記憶は曖昧だ。今日會った黒い服のアンドロイド……どこかで見たことがある気がする。彼女は何か複雑な顔をしていたが、僕は何も思い出せなかった。
本作約500年後機械生命體網路重生後不到半年，Emil的某一個複製體遇到了一位黑色服裝的Android女性，似乎曾在哪裡見到過。她對Emil露出了複雜的表情，Emil卻沒能回想起任何事情。考慮到A2其實是掉漆沒穿衣服，文中所指的Android女性是2B的可能性比較高。那麼，2B的後續存活基本上是可以確定了。遊戲中對9S和A2的後續沒有再作交代，至少在出DLC之前大概只能靠玩家自行想像(我只想他們過上沒羞沒臊的日子。