來源：遊俠論壇
作者：Blues
但當我們回過頭來看看《合金裝備》系列的劇情，並不是那麼容易去梳理。遊戲中的很多角色和組織都不止一個名稱，更鬧心的是，各個事件都不是按照順序來講述的。不過不用擔心，下面就讓我們按照正常的時間線來回顧一下《合金裝備》系列中那些重要的事件。
1914年：The Philosophers組織成立，目標是控制世界重大事件
《合金裝備》的故事實際上是從一戰後開始的，來自中國、美國和蘇聯的最富有、最具影響力的成員組成了一個叫做“The Philosophers”的組織，他們擁有近乎無盡的可利用資源，因此他們希望能夠影響世界重大事件以至於不再經歷像第一次世界大戰這樣規模的全球性衝突。隨著成員相繼逝去，The Philosophers組織也面臨分崩離析的命運。而到了1930年代，The Philosophers的目標逐漸偏離初衷，最終導致了冷戰的發生，組織內成員內訌讓整個世界處於核戰危機之中。
在組織成員發生內訌之前，The Philosophers曾籌集鉅款希望能夠組織第二次世界大戰，一共有超過1000億美元（相當於2014年的1.6萬億美元）用於研發核武器和基因增強的超級戰士。存放這些現金的記錄以及所有組織成員的名字都被儲存在微縮膠捲上，這份膠捲就被稱為“The Philosophers’Legacy”。世界上的三大超級強權為了應對這一巨變而導致冷戰的發生，直到蘇聯軍官和The Philosophers成員Boris Volgin偷走微縮膠捲並在死前交給了他的兒子。
The Philosophers丟失了這份數額龐大的行賄款項，面臨崩潰，但他們的爪牙還沒有瓦解。在《合金裝備3》的故事發生之前，甘迺迪總統由於在入侵豬灣行動中違背了The Philosophers的意願，隨後被刺殺——這些就是“The Philosophers”這個陰影中的組織的力量展現。
1964年：Naked Snake為了組織核戰爭全面爆發而殺死了自己的導師Snake Eater
這裡就要講到CIA秘密行動小組FOX了，這個小組由英國SAS軍官Major Zero、眼鏡蛇部隊(Cobra Unit)頭目The Boss、前綠色貝雷帽成員及第一位FOX特工John（代號：Snake Eater）所組成。蘇聯火箭科學家Nikolai Sokolov想要叛逃到美國，因此蘇聯政府通知了FOX前往蘇聯的森林中追捕Sokolov，在這一戰中，Snake碰到了自己已經從美國叛逃的導師The Boss，Sokolov也被The Boss搶了回去，搜捕行動因此終止。接下來The Boss帶著Sokolov與眼鏡蛇部隊以及偷走Shagohod的司令官Volgin一起，在自己的家鄉建造了Davy Crockett核裝置，以確保美國因為這次非法進入蘇聯而受到責難。
為了防止報復和相互確保毀滅（ps：一種核戰戰術，達到相互遏制的目的），Naked Snake需要阻止Volgin並摧毀Shagohod。在行動中，Naked Snake得到了美國雙面間諜EVA的幫助，EVA也是Snake在蘇聯的唯一連絡人。Snake還遇見了蘇軍總參謀部情報總局格勒烏的軍官Adamska（代號：Revolver Ocelot），並與他締結下兄弟情誼。在這兩位的幫助下，Snake把眼鏡蛇部隊的成員一個接著一個地幹掉，摧毀掉Shagohod，殺死了Volgin，並與自己的老首長The Boss正面交鋒。在Snake發起最終攻擊之前，The Boss交出了半份包含“The Philosophers’Legacy”位置的微縮膠捲。
Snake回國之後被待以英雄之禮，並被授予“Big Boss”稱號，但他同樣瞭解了這一任務背後的可怕真相。The Boss一直在秘密地為美國政府辦事，以恢復“The Philosophers’Legacy”，而因為Volgin的核武器，The Boss的任務目標發生了變化：她必須死在Snake的手中，作為一個叛國者死去。儘管Snake完成了人物，但他也看透了利用他的政府，並放棄“Big Boss”稱號，退出FOX。
1970年：Army’s Heaven的起源（掌上行動）
FOX也叛變了，此時由超級戰士Gene領導，他曾是The Philosophers用於基因試驗的物件。Gene想要得到“The Philosophers’ Legacy”來建立自己的帝國，因此他佔領了聖海洛尼莫半島上的一個基地，綁架並折磨Snake，因為Snake是最後一個知道他下落的人。然而沒過多久，Snake就和綠色貝蕾帽Roy Campbell一同逃了出來。
在與Major Zero見過面之後，Snake知道了他成為政府不受歡迎名單上的一員，並認為他是FOX反叛的始作俑者。為了洗清自己莫須有的罪名，Snake與Zero、Ocelot，以及Snake幾年前救出的一名戰爭孤兒Frank Jaeger一起組建了“獵狐部隊(FOXHOUND)”的前身。
Snake招募了各種士兵，最後打敗了Gene，Gene最後認出了Snake就是The Boss的繼承者，並將FOX託付於他，Snake也因此得到的Gene意圖建立“Army’s Heaven”的全部資料和物資。
當然，如果沒有跌宕起伏的劇情，那也不會是一部《合金裝備》了。實際上，整個叛變事件是由Ocelot和Major Zero一手策劃的，用來把CIA頭目從藏身之處引誘出來並將他手中的另一半保存有“The Philosophers’Legacy”的微縮膠捲。最後Ocelot與Major Zero和Naked Snake一起殺死了CIA頭目，奪走了他們想要的東西，並建立了一個更加神秘的組織“The Patriots”。
1972年：The Patriots，魔童計畫
Snake、Major Zero和Revolver Ocelot最初建立“The Patriots”是為了向The Boss希望創造一個完美世界的夢想致敬，Zero認為這個夢想是要創造一個“無國界的世界”，讓世界上的國家在同一個準則下實際地聯合起來。因此Zero誇大並扭曲了Big Boss的遺志，將其作為一種控制的手段。Snake並不樂意做Zero的傀儡，覺得Zero是在用Big Boss做幌子來實現自己的野心。
壓死駱駝的最後一根稻草就是Zero的魔童計畫(Les Enfants Terribles project)，這個計畫是降Snake的DNA提取出來，並克隆出一系列增強的超級戰士，而這並沒有得到Snake本人的同意。“魔童計畫”的產物是三個“Big Boss之子”：Solid、Liquid和Solidus，他們每一個都代表著Big Boss的DNA中最強的一方面，並讓他們加速老化以防止敵人獲得這一基因序列。當Snake發現這件事之後，理所當然地大發雷霆，一氣之下離開了“The Patriots”和“FOXHOUND”，後來同Kazuhira Miller一起組建了“無國界之軍(Militaires Sans Frontieres)”。在Snake離開一段時間之後，Major Zero和“The Patriots”開始使用“Cipher”作為代號。
1974年：無國界之軍，母基地的誕生（和平行者）
來自哥斯大黎加的兩個特工Paz Andrade和Ramon Galvez Mena拜訪“無國界之軍”，請求Snake趕走出沒於哥斯大黎加境內的神秘武裝集團，而在委託過程中,Snake從Galvez提供的錄音帶裡得知恩師The Boss可能還存活在世界，因此才同意這項行動。而實際上，這段聲音由核武器“和平行者”的一個附屬AI程式創造，這個“和平行者”就是用來以軍事威脅保證核打擊不發生的遏制手段，如果某一方膽敢發射核武器，那麼“和平行者”一定會保證把這一地區摧毀。
無國界之軍的Logo
不管怎樣，Snake和Miller還是在哥斯大黎加海岸線外的海面上建立了母基地(Mother Base)，並將其設計成海上石油鑽井平臺的樣子。而Snake則在叢林中遊蕩，不斷招募士兵擴充軍隊，並得到Huey Emmerich博士（“和平行者”的設計者）的加盟，在母基地研發科技，打造自己的核威懾，以及可以自己行走的作戰機甲“Metal Gear ZEKE”。後來，Snake發現Galvez是一名克格勃特工，想把“和平行者”據為己有，Snake當然打亂了他的計畫並阻止了一場浩劫。最終，Snake還是將“Big Boss”作為自己的稱號。
這還沒有結束，Paz同樣是一名雙面間諜，他還為“Cipher（或者說是Major Zero）”賣命。她試圖啟動ZEKE，威脅Big Boss和“無國界之軍”為Cipher效力；Snake迅速解決掉了ZEKE，而Paz則在之後的爆炸中沉入大海。Miller顯然也是Cipher的一個生意夥伴，並且完全瞭解Paz的計畫，利用自己的關係網將“無國界之軍”變成冷戰經濟的驅動力。Snake也並不反對，他們兩個一起繼續運作“無國界之軍”，母基地逐漸成長為一個大型雇傭兵集團。
1975：一個帝國的陷落（原爆點）
由於Huey堅持要向世界表明“無國界之軍”的清白，Snake和Miller計畫進行一次核檢查，而就在準備檢查的前夜，他們得到消息稱Paz還活著，她在那次事件後被Cipher所擒，囚禁在古巴的一所叫做“Camp Omega”的監獄當中，並遭到Skullface的嚴刑拷打。更糟糕的是，Snake手下的一名年輕士兵Chico前去救她也被抓住了。Chico和Paz都知道“Metal Gear ZEKE”的存在，所以Snake必須在他們透露任何情報之前將他們解救出來。
規模龐大的母基地
Snake孤軍深入那所監獄將這兩個人救了出來，但回到母基地時卻發現那裡正在被一個叫做“XOF”的全新神秘武裝組織所攻擊，這個組織由神秘的Skullface所領導。Snake與Miller、Paz以及Chico乘坐直升機逃了出來，而由於Paz在監獄中被Skullface在身體裡安放了兩個炸彈，為了救Snake，Paz跳下飛機，在空中爆炸，衝擊波導致Snake一行人的直升機墜毀，讓Snake昏迷了整整九年。
1984年：已然成魔（幻痛）
當Snake從昏迷中醒來時，發現自己的左臂不見了。當然我們還不知道《幻痛》將為我們帶來一個怎樣的故事，但這部最終作一定會為Big Boss/Naked Snake的歷史做個了結，述說他重建母基地成為反派並向Cipher復仇的故事。我們還將發現，Snake將會重新出現在美國政府的白名單上，並重新掌管FOXHOUND。
1995年：突襲Outer Heaven（合金裝備1）
美國政府獲悉在南非的一座設施中藏著一個叫做“Outer Heaven”的大規模殺傷性秘密武器，並派遣Big Boss和他的FOXHOUND去處理這件事情。那麼問題來了，美國政府並不知道“Outer Heaven”就是屬於Big Boss的，Big Boss將其作為陣地建造另一個“Metal Gear”並拿下了“The Patriots”，他為了完成計畫，將自己的兒子Solid Snake交了出來以停止行動。
Big Boss將錯誤情報交給Solid Snake，將他引向一系列陷阱當中，但Solid Snake一個一個地克服過來。他救了Gray Fox（灰狐，真名Frank Jager），在北約地毯式轟炸之前打敗了Big Boss並摧毀了“Metal Gear”。Big Boss在轟炸中活了下來，並將倖存者召集起來，在幾年後以更強的姿態出現。
1999年：Big Boss回歸（合金裝備2）
世界很快發生了石油危機，而Kio Marv博士卻有完美的解決辦法：OILIX——一種合成燃料資源可以解決潛在的全球危機。所以他被桑吉巴國(Zanzibar Land)的軍事力量綁架。這時，FOXHOUND的首領Roy Campbell（你懂得，Big Boss這時已經被認為不再可靠）請Solid Snake再度出山去營救Marv博士。
Solid Snake發現桑吉巴國出現了比以往更棘手的情況：Gray Fox現在是自己的敵人，Big Boss還活著，而且還有另一個“Metal Gear”。Marv博士被虐打至死，OILIX的配方被Gray Fox親手毀掉，而Solid Snake最終打敗了Big Boss和Gray Fox，並把Big Boss遺棄在阿拉斯加的荒原上任其自生自滅。而後“The Patriots”找到Big Boss的遺體，並讓他陷入一個由納米電腦創造的昏迷當中，在接下來的15年中，Big Boss依然存在，作為給Zero多愁善感的“回報”。在此期間，Big Boss的基因再次被竊取，這次被創造出來的是“基因組戰士(Genome Soldier)”……
2005年：影子摩西島事件（Metal Gear Solid）
掌管FOXHOUND似乎永遠會不停地帶來麻煩，Solid Snake的克隆兄弟Liquid Snake現在是這支軍隊的指揮官，並且他叛變了。他使用新創造的基因組戰士奪下了作為核武存放地和“Metal Gear REX”發源地的影子摩西島(Shadow Moses Island)，Liquid、 Revolver Ocelot以及同夥宣稱，如果美國政府不交出Big Boss的遺體和10億美元的話，他們將會發射核彈。
於是Roy Campbell再次將Solid Snake請出山去解救一些重要人物，他們都因為感染了Naomi Hunter博士在任務之前秘密注射到Snake身體裡的FOXDIE病毒而患上了奇怪的心臟病。在與Revolver Ocelot的戰鬥之後，Snake得知Gray Fox不僅僅還活著，而且還成為了一名半機械忍者，他用武士刀瞬間把Ocelot的手砍了下來。接著Snake碰到了Campbell的女兒Meryl Silverburgh，以及REX的設計者Hal Emmerich（Huey的兒子），他們倆一同幫助Snake通過這裡。
經過重重困難，Solid Snake發現自己正與兄弟Liquid Snake和Metal Gear REX面對面，Gray Fox犧牲自己為Solid Snake爭取時間來摧毀REX。而Liquid Snake卻冗長地講述了自己作為Big Boss克隆體的起源。最後你知道的，Solid Snake贏了，並且和Meryl Silverburgh一起逃脫，而Liquid Snake卻並未放棄追殺，最後卻沒能敵過FOXDIE病毒，而Revolver Ocelot也失去了一隻手。在接近遊戲尾聲的時候，我們知道Solidus（真名George Sears，Big Boss的完美克隆）成為了美國總統，本質上參與了一切。
2007年：曼哈頓油輪事件（自由之子）
在《合金裝備2》的故事開始之前，Revolver Ocelot將Liquid Snake的一隻手移植到自己身上，並且計畫將Metal Gear REX的原理圖賣給出價最高的買家。接下來，Liquid Snake的手開始慢慢控制Ocelot的思想，影響他的說話和思維方式。
在接受Hal妹妹Emma（為一種型號Metal Gear開發AI的程式師）的建議之後，Solid Snake潛入了曼哈頓海岸邊的一艘油輪。他剛好看到油輪被一幫俄羅斯士兵控制，但他並不太在意，他的目標是找到Metal Gear RAY並將其公諸於世。在進入油輪後，Snake發現了Metal Gear RAY並拍照上傳給Hal，就在這時Ocelot（也可以說是Liquid）出現了，背叛了他的俄羅斯盟友，啟動etal Gear RAY並炸毀了這艘油輪，大量原油洩漏到紐約海岸，留下Snake自生自滅，後來還被“The Patriots”陷害說是這次事件的始作俑者，於是處理這次“原油洩漏”事件的除汙設施“Big Shell”也因此而建立。但在《合金裝備》的宇宙中，一切都不會太簡單，這座設施實際上是為了秘密建造巨型戰艦“Arsenal Gear”的。
2009年：Big Shell事件（自由之子）
“Big Shell”被由恐怖組織“自由之子”所佔領，而這個“自由之子”卻是由反恐怖組織“Dead Cell”的成員所組成，也就是叛變了。“自由之子”由前美國總統Solidus Snake所領導，將現任美國總統綁架並索要300億美元贖金。當然，這並不是他們的真正目的，他們的真正意圖是獲得“Arsenal Gear”和其中的AI程式“GW”。
由VR訓練出的新人特工“雷電(Raiden)”被派遣到“Big Shell”以不惜一切代價阻止恐怖分子。他發現了偽裝及其失敗的Solid Snake，後來在Snake的幫助下，雷電潛入了“Big Shell”。就在雷電不斷接近Solidus時，他發現了一個半機械忍者，並且他所要救的每個人都死於一種奇怪的心臟病，他的最終目標是找到GW並上傳一個類似FOXDIE的病毒。聽上去是不是很熟悉？因為“Big Shell”事件是想複製影子摩西島事件，以訓練一個與Solid Snake一樣優秀的戰士。
Big Shell
或者…不是這樣。Big Shell事件實際上是為了證明GW控制和扭曲資訊以及以及操縱個體能力，在《合金裝備2》中Colonel Campbell給雷電下達的命令實際上就是這個AI幹的，而由於雷電對這項任務的絕對信任，這個AI被證明為一個極大的成功。巨型戰艦“Arsenal Gear”失去控制沖向曼哈頓海岸，雷電和Solidus被迫在聯邦國家紀念堂上對戰。Ocelot/Liquid再一次逃脫了，這次還帶著RAY一起。Ocelot利用RAY和“Arsenal Gear”中殘留的GW，迅速地組建了一個私人軍事集團，一個全新的戰爭經濟基礎正慢慢成型。
2014年：結局的開始（自由者之槍）
又一次地，不斷快速衰老的Solid Snake再次被Roy Campbell請出山，他的最終任務是：刺殺Liquid Ocelot（這時Ocelot已經基本上完全是Liquid Snake了），並且組織無休止的PMC組織（private military contractor，即私人武裝承包商）領導權爭奪戰，這本該是一個不難的任務，但每個人都安裝了一台納米電腦，這些電腦都是由Liquid掌管的AI做控制。在中東的時候，Snake沒有成功抓住他，但成功追蹤了他的助手Naomi Hunter博士，並在南美時救了她，當時獲得了雷電的一些幫助，而雷電現在已經完全變成了一個半機械忍者。
接下來Snake前往歐洲去尋找Big Mama（也就是EVA）以及Big Boss剩下的遺體。Ocelot發現Snake利用Big Boss的遺體解鎖“The Patriots”的AI程式，讓他能夠虛擬地控制這顆星球上的每個士兵。但現實是無情的，EVA思死了，Snake也身負重傷，而Ocelot逃到了影子摩西島，計畫竊取REX的核武器去摧毀“The Patriots”的全球AI網路（因為這時REX是唯一一個沒有被“The Patriots”控制的合金裝備）。Snake當然繼續追捕，但在那座被廢棄的設施中，回憶不斷湧現，最終讓Liquid拿到了核武器。
在最後的鬥爭中，Snake和他的手下對Liquid Ocelot的基地進行猛攻，在那裡他上傳了Hunter博士設計的病毒FOXALIVE，並最後一次打敗了Liquid。隨著整個世界被從“The Patriots”的陰影中解救出來，Snake來到The Boss的墓前作最後的告別，卻發現Big Boss很可能還活著，在歐洲燒掉的其實是Solidus的屍體，當“The Patriots”的AI離線之後，Big Boss從多年的昏迷中醒過來。Big Boss講述了Ocelot怎樣使用納米電腦和精神療法來讓他相信自己的身體已經被Liquid拿走好讓“The Patriots”相信的過程，然後他將年邁的Zero捂死，並在FOXDIE病毒最終發作之前與他的兒子度過了最後的柔情時刻。隨著這些人物的死去，“The Patriots”被徹底毀滅，Snake也終於能夠好好休息了……
